本質檢中心設有監測業務室、分析檢測室和質量保證室。
本質檢中心自成立以來，特別是取得“國家計量認證合格證書”後，不斷改善檢測環境和更新設備、硬體環境和檢測能力有了明顯的提高。目前本質檢中心實驗室總面積120m2，中心擁有紫外分光光度計，原子吸收分光光度儀、智慧型型測汞儀、電光分析天平及常規分析儀器（總計8台（套），總資產15萬元。
本質檢中心具有較強的技術力量，現有人員7人、中級職稱4人、技術人員3人。專業涉及水利水電、陸地水文、環境監測、水文水資源、環境工程、分析化學等。具有承擔水資源水環境檢測和評價工作及國內外委託檢測、驗證業務能力。
本質檢中心主要從事水資源質量監測工作，負責監測本省長江流域、黃河流域渭河水系部分江河湖庫的水質狀況，負責水利工程建設水質監測、供水取水許可的水質監測，參與轄區內重大水污染事故和由水污染引起的水事糾紛的調查、仲裁，承擔水資源認證勘測評價及第三方檢測，即委託檢測或仲裁檢測等任務。
本質檢中心認證的檢測範圍為地表水（含農田灌溉、漁業和景觀娛樂用水）、地下水（含天然礦泉水）、生活飲用水（含純淨水）、污廢水、大氣降水和底質與土壤九大類59個項目參數。
