主要職責
負責從源頭上預防、控制環境污染和生態破壞。擬訂環境影響評價政策、法律、行政法規、部門規章並組織實施。擬定環境影響評價分類管理名錄和分級審批規定。負責對重大發展規劃以及重大經濟開發計畫和重要產業、重點區域進行環境影響評價。按國家規定審查重大開發建設區域規劃、行業規劃環境影響評價。負責審批涉核與輻射以外建設項目的環境影響評價檔案。負責審批海岸工程建設項目環境影響評價檔案，並負責海洋工程建設項目環境影響評價檔案備案。負責國家審批的建設項目竣工環境保護驗收。負責環境影響評價機構資質管理。匯總提出區域限批、流域限批和行業限批建議並組織實施。負責環境影響後評價工作。組織開展建設項目施工期的環境監理工作。
內設機構
根據上述職責，設6個內設機構。
1、綜合處
承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；擬訂建設項目環境影響評價資質管理政策、法規，並組織實施；承擔建設項目環境影響評價機構資質管理工作；承擔涉核與輻射項目以外屬於行政許可的環境影響評價檔案的受理和審批督辦工作。
2、規劃環境影響評價處（簡稱規劃環評處）
擬訂規劃環境影響評價政策、法規、規章、規範和技術導則並組織實施；組織和指導規劃環境影響評價工作；組織對國家重大發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價；按國家規定審查重大開發建設區域規劃、行業規劃的環境影響評價檔案；指導和協調地方開發區規劃環境影響評價的審查工作。
3、建設項目環境影響評價一處（簡稱項目環評一處）
擬訂火電、電網、冶金、有色、機械等建設項目環境影響評價政策、法規、規章、規範和技術導則並組織實施，組織相關行業建設項目環境影響評價審核工作。擬訂並組織實施建設項目環境影響評價分級審批規定。組織和指導東北、華北地區設區的市級以上專項規劃的環境影響評價工作。
4、建設項目環境影響評價二處（簡稱項目環評二處）
擬訂化工、石化、輕工、醫藥等建設項目環境影響評價政策、法規、規章、規範和技術導則並組織實施，組織相關行業建設項目環境影響評價審核工作，承擔海洋工程建設項目環境影響評價檔案備案。擬訂建設項目環境影響評價分類管理名錄。組織和指導華東、華南地區設區的市級以上專項規劃的環境影響評價工作。
5、建設項目環境影響評價三處（簡稱項目環評三處）
擬訂交通、煤炭、石油、天然氣、水電等資源開發類建設項目環境影響評價政策、法規、規章、規範和技術導則並組織實施，組織相關行業建設項目環境影響評價審核工作。組織和指導西南、西北地區設區的市級以上專項規劃的環境影響評價工作。
6、建設項目環境保護驗收管理處（簡稱驗收處）
擬訂建設項目竣工環境保護驗收政策、法規、規章並組織實施；組織和協調國家審批的建設項目竣工環境保護驗收，並指導地方相關工作；組織實施環境影響後評價和建設項目施工期環境監理工作。
