2006年，牟昌華授命擔任公司重大戰略項目“8英寸半導體高端數字氣體質量流量控制器”技術負責人。該項目旨在開發我國新一代數字氣體質量流量控制器。氣體的控制和測試在幾乎套用所有的工業現代化領域，測量和控制的水平將直接影響到該領域的技術水平和產品質量，因此是重要的核心工藝。由於項目的重要意義，2007年北京市委組織部給予牟昌華優秀人才項目培養基金資助。
在牟昌華的帶領下，項目組成功研製了CS200氣體質量流量控制器，並建立了完整的供應鏈體系和生產製造能力。2008年9月，CS200型產品通過北京市的新產品鑑定，並在北京北方微電子基地設備工藝研究中心和北京大學微電子所成功進行了工藝試用，鑑定結論該產品的技術指標已達到國際同類先進水平。目前，CS系列產品已經成為我國第一款擁有自主智慧財產權的高端氣體質量流量控制器。目前在國內大規模積體電路及半導體，光伏太陽能，真空、特種玻璃等各個行業取得了客戶的普遍認可，產品已經在美國、歐洲等各個地區開始拓展。
2008年6月起，牟昌華擔任國家科技重大專項02號專項“300mm 90/65nm立式氧化爐/質量流量控制器”項目子課題三技術負責人。該課題旨在研製我國300mm生產線的高端氣體質量流量控制器，打破國外的技術壁壘。目前所研發的產品已在我國各主要大規模積體電路產線和裝備企業進行了測試，測試結果良好。
2009年，隨著國際上對於燃料電池新興能源的重視，牟昌華開始針對燃料電池行業需求的氣體流量控制產品展開研究，最終根據該行業特點陸續推出了多款產品。其中，2011年推出了專門為燃料電池行業開發的數位化的CS230G產品，該產品具備極低壓差，寬溫度使用範圍，低溫度係數和零漂，可靠通訊協定，安全認證等多項優勢。目前產品已經出口海外超過3000台，是目前國際上唯一適用於商業燃料電池電站的氣體質量流量控制器，取得了良好的經濟和社會效益。2011年，CS230G通過北京市的新產品鑑定，鑑定結論其技術水平達到國際領先。
堅持技術創新的牟昌華在質量流量控制器領域共申請獲得專利10餘項，其中國際PCT發明2項。在國際國內重要會議上發表論文5篇。2009年，牟昌華順利完成在七星華創電子股份有限公司博士後工作站、清華大學自動化系博士後流動站的博士後工作，以優秀成績通過考核。2012年，牟昌華所帶領的團隊獲得北京市“牟昌華創新工作室”稱號。
牟昌華先後獲得北京市勞動模範、北京市經濟技術創新標兵等多項榮譽 。
