魚雷
魚雷是潛艇使用最普遍和歷史最長的一種武器。直到現在，魚雷仍然是潛艇最常見的武器。第二次世界大戰中期以前，魚雷是沒有任何導引裝置的，發射後就按原設定方向和深度持續前進。直到動力用盡或與目標接觸為止。中期後，魚雷開始安裝導引系統，魚類發展有二個方向。第一，加入成熟導引系統。第二，改進動力系統，提高射程和速度。目前最普遍的導引系統是聲納。絕大多數魚雷都用聲納搜尋和追擊目標。另一種方法是以水面船隻經過後的浪跡作為導引信號來源。導引的形態又可分為，有線和無線二類：
有線導引多在潛艇上使用；魚類的後端有有導線和潛艇連線；發射後，潛艇的射控指令由導線傳給魚雷，必要時，可以切斷導線，讓魚雷主動以聲納標定並攻擊目標。
無線導引多用在水面艦艇和反潛火箭上。二戰結束前的潛艇多在前後都有魚雷發射管。二戰後，發射魚雷都集中在艇首的發射管。
潛艇有二大類發射魚雷的方式：氣壓射出和自行游出；也有二種魚雷引爆方式：接觸引爆和磁性引爆。
火炮
火炮是早期潛艇的主要武器之一。早期潛艇的頓位較小，攜帶的魚類有限。一般說，火炮的主要作用在於警告無武裝的船隻仃下來，或攻擊無武裝的船隻，以節省魚雷。現在的潛艇已不用任何火炮。
飛彈
在潛艇上使用飛彈是二戰後的新發展。目前最常見的潛艇發射飛彈包括：潛對地彈道飛彈，潛對地巡航飛彈和潛對艦反艦飛彈三種。少數國家試安裝潛對空飛彈，但目前不普遍，也不算實用。
水雷
以潛艇作布置水雷的載具相當普遍。利用潛艇的隱蔽性，到指定水域部署攻擊性或防禦型的水雷網。早期有利用魚雷管布置。或掛在潛艇的艇身外。現在的潛艇都是利用魚雷管布放水雷。
飛機
即使潛艇浮出水面時，能觀察的高度也運低於一般的水面艦艇，因此，在配備雷達和其它電子搜尋裝置以前，潛艇的有效偵測距離相當短。為了改善這個缺點，使用飛行器作為輔助觀測手段曾被許多國家考慮過。
最早將潛艇和飛機搭配使用的是一次世界大戰時的英國和德國海軍。他們都是把水上飛機裝載於潛艇上。潛艇下沉後，就可讓飛機起飛。完成任務後，飛機可返回陸上機場或在海上降落。待飛行員離開後，將飛機擊沉。
德國海軍在二戰期間，少量用過無動力自旋機作為潛艇導航和和偵察。這種自旋機的外觀和直升機很類似，但構造很簡單；觀測員坐在沒有機身保護的座位上，頭上是三頁旋翼，只能控制旋翼的共同傾角和方向舵。平時，它折收存放在潛艇上，使用時迅速組裝拖在潛艇後部，氣流帶動旋翼轉動，使飛機上升而偵察。
二戰期間，日本是另一個試圖在潛艇上武裝飛機的國家，它企圖用潛艇裝載的飛機攻擊美國巴拿馬運河，由此，日本專門設計了依號四00潛艇以及配套的晴嵐式水上飛機，它的最大航程1540公里，乘務員二名。原定1945年8月17日對美國艦隊攻擊，8月15日日本天皇宣布投降，沒用。
