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漕運總督部院遺址從東漢末年到南北朝時期，中原地區戰亂頻繁，百姓大量南逃，因而促進了江淮、江南等地的經濟迅猛發展，江南財富在歷代財政收入中占有極大的份額。到了明初，雖海陸兼運，但大量財富都是通過大運河南北運輸的。
淮安楚州是南北水運樞紐，東西交通的橋樑。據《重修山陽縣誌》載：“凡湖廣、江西、浙江、江南之糧船，銜尾而至山陽，經漕督盤查，以次出運河，雖山東、河南糧船不經此地，亦遙稟戒約。故漕政通乎七省，而山陽實屬咽喉要地也。”當時，千萬艘糧船銜尾而至淮安楚州由末口入淮北上。糧船卸載之後，再從河下裝滿鹽運往南方各地。這樣既解決北方糧米缺乏之苦，又大大緩解南方糧食年年豐收，食用不完，米價很低，百姓苦於“米贏而錢絀”的既南糧北調、北鹽南運都要途經淮安楚州，使淮安楚州成為漕運、鹽運集散地，客觀上形成了在漕運史上的特殊地位。
自隋起，朝廷在淮安楚州設漕運專署，宋設江淮轉運使，東南六路之粟皆由淮入汴而至京師，明清在這裡設總督漕運部院衙門，以督查、催促漕運事宜，主管南糧北調、北鹽南運等籌運工作。
淮安特殊的地理位置，促進了淮安的繁榮，特別是商業十分發達。漕運總督機關設在這裡，駐有大批理漕官吏、衛漕兵丁。漕船到達這裡後，需接受漕台衙門的盤查，千萬艘糧船的船工水手、漕運官兵在此停留，南來北往的商人在此進行貨物交易，旅客也在此盤桓，更加之在這裡設常盈倉兩處、常平倉兩處、預備倉三處、莊倉五處……更大大提高了淮安的商品需求量，促進了商業的發展。當時這裡城內外店肆酒樓鱗次櫛比，“市不以夜息”，十分繁盛。正如邱浚詩曰：“十里朱旗兩岸舟，夜深歌舞幾時休。揚州千載繁華景，移在西湖嘴上頭。“
總督漕運部院衙門是朝廷的派出機構，總督都由勳爵大臣擔任，明景泰二年(1451年)始設漕運總督於淮安，與總兵參將同理漕事。明陳王宣、李肱、李三才、史可法；清施世綸、琦善、穆彰阿、思銘、楊殿邦等人都先後在這裡任過漕運總督之職，漕運總督權力顯赫，不但管理漕運，而且還兼巡撫，因此也稱漕撫。部院機構龐大，文官武將及各種官兵達270多人；下轄儲倉、造船廠、衛漕兵廠等，共約20000多人。
部院衙門始建於宋乾道六年(1170年)，由錄事陳敏興修，元為淮安路總管府，元三十年(1293年) 阿思重修，明洪武元年(1368年)淮安知府范中政建淮安府署，洪武三年(1370年)知府姚斌改為淮安衛指揮使司，成化五年(1469年)通判薛淮重修，嘉靖十六年(1537年)督御史周金在城隍廟東新建督察院，隆慶五年(1571年)知府陳文燭將此重修，萬曆七年(1579年)都御史雲翼將淮安遷往城隍廟東，移總督漕運部院於此。
當時，建築規模宏偉，有房213間，牌坊3座，中曰“重臣經理”，東西分別曰：“總共上國”、“專制中原”。中軸線上分設大門、二門、大堂、二堂、大觀堂、淮河節樓。東側有官廳，書吏辦公處、東林書屋、正值堂、水土祠及一覽亭等。西側有官廳、百錄堂、師竹齋、來鶴軒等。大門前有照壁，東西兩側各有一座牌坊。以上建築，皆毀於上世紀40年代。房基、礎石仍存。更值得一提的是衙門前有一對纖塵不染全國罕見的白礬石的石獅。據說是元代波斯(今伊朗)進貢的兩對藝術價值極高的石獅，一對運送京都，一對被國舅留在淮安。可惜這對石獅在“文革”中被當成“四舊”砸成碎片。
考古發掘
漕運總督部院遺址2002年8月，淮安市楚州區在舊城改造中挖掘發現了明清時期的總督漕運部院遺址，在明清遺蹟下3米處還發現有宋元代文化層。遺址被列為江蘇省省級文物保護單位。並在此興建了漕運總督署遺址公園，還計畫在附近建造一座中國漕運史博物館。
2011年3月22日上午，在楚州區漕運總督府遺址重新保護性挖掘現場，有新的重大考古發現。隨著漕運總督大堂遺址土層的向下清理，許多深埋地下帶有銘文的古磚重見天日。
在漕運總督府遺址挖掘現場，發現深砌在牆體內與漕運總督大堂外牆面平齊的帶銘文的牆磚。牆磚有陽字銘文，上面的字跡清晰可辨。其中主要有“鎮江前軍”、“鎮江中軍”、“鎮江後軍”、“建康府”、“泰興縣燒造”、“鎮江游奕軍”、“揚州”、“南昌府”等字樣。此“中軍”、“前軍”、“後軍”、“游弋軍”等機構為軍中專門負責基礎工程建設的軍隊，就如現在的武警水電部隊、武警黃金部隊等。“中軍”、“前軍”、“後軍”、“游弋（奕）軍”皆為軍事建制單位。這將是研究漕運歷史又一重要的實物，有一定的文化價值和史料價值。
