主要職責
(一)、負責協調或落實溫福、甬台溫鐵路甌海段及相關配套工程（包括鐵路新客站、改河工程、配套道路工程、安置房工程，下同）在我區建設計畫。
(二)、負責組織溫福、甬台溫鐵路甌海段及相關配套工程建設的各項前期工作，協調並督促落實項目立項可研、規劃設計、征地拆遷等各環節的工作。
(三)、負責溫福、甬台溫鐵路甌海段及相關配套工程建設調度工作，協調解決工程建設過程中出現的問題，確保工程建設安全、質量、工期、功能和成本的協調統一，協調解決政策處理過程中的社會矛盾。
(四)、負責管理區鐵路項目資金，並對使用情況進行監督，負責組織監督項目法人和有關部門開展溫福、甬台溫鐵路甌海段及相關配套工程建設的招投標工作。
(五)、負責承辦區政府交辦的其他工作事項。
內設機構
辦公室：負責起草指揮部檔案、報告、簡訊等文書，整理綜合匯報材料；負責行政文書和工程技術檔案的整理、保管、保密和列印、收發工作，以及本部印章的使用和管理；做好財務管理工作，負責預算編制、會計核算、編寫財務報表；負責機關事務、車輛調度、管理和對外接待，並為本部職工生活做好服務工作。
總工室：參與研究制定指揮部工程工作方案及年度工程計畫；行使屬本級管轄許可權的工程開發、規劃，工程設計上報；協助領導組織、協調解決相關科室在工程建設和工程管理等工作中的技術問題；參與工程質量監督工作，擬定相應管理辦法；承擔本級管轄的或上級部門委託承辦的相關工程招投標管理工作；負責配套工程設計、報批、建設、管理工作；做好工程設計檔案、圖紙資料的交接、整理，建立技術資料檔案並做好各類契約、協定等資料的存檔工作。
拆遷科：開展調查研究、勘查房屋拆遷紅線範圍，牽頭組織核實拆遷面積，按戶按單位分類登記造冊，並做好原始記錄歸檔，擬定房屋拆遷工作程式；做好鐵路沿線和配套建設範圍內拆遷政策處理工作；依照有關法規與政策查處拆遷工作中的違法、違規、違紀行為；堅持專款專用、對拆遷經費的撥付和使用進行管理與監督。
安置科：制訂和測算、計算建築和安置面積，擬訂安置房的分配認購方案，落實安置用地（包括征地測繪、界樁、填墊礦渣）；負責安置房報批與建設管理工作，搞好安置房分配到戶工作；堅持專款專用、對安置經費的撥付和使用進行管理與監督。
現場協調科：負責民眾信訪工作，搞好來訪接待；做好與鐵路工程有關的通訊、電力、自來水、道路、水利、環保、市政規劃、設計等協調工作；負責地下、地上管線遷移協調處理工作；牽頭協調工程建設與地方民眾之間的有關問題，做好“三改”工程協調工作。
征地科：開展調查研究、勘查征地沿線範圍、核實征地實際面積及時做好土地報批工作；按有關法規制訂征地補償標準；牽頭組織搞好土地丈量，配合相關單位做好鐵路沿線範圍內征地政策處理工作；做好征地戶調查核實工作，按戶按單位分類造冊登記，並做好原始記錄歸檔、負責征地資料的收集彙編工作；堅持專款專用，對征地經費的撥付和使用進行管理與監督；依照有關法規與政策查處征地工作中的違法、違規、違紀行為。
安全保衛科：協助做好施工沿線有關糾紛調解工作和治安工作；做好施工沿線工程建設管理、拆遷安置、征地政策處理人員的安全保衛工作；協調公安部門維護施工地段的人員、財產的安全，督促、協助辦案；協助辦公室搞好部機關與現場辦公地點的內部保衛工作；負責指導、幫助施工單位制訂安全生產措施，開展施工人員安全生產、文明施工、遵紀守法的宣傳教育，實行定期不定期檢查考核。
