歷史背景
鄭氏收台
鄭成功收台台灣自古以來就與大陸的關係密不可分，所以統一是必然的規律和趨勢，特別是自元朝以來，台灣直接歸於中央政府管轄。天啟四年（1624年）荷蘭東印度公司部隊登入大員，開始占領台灣。 清兵入關後，勢力逐漸進入福建。順治十六年（1659年）鄭成功率領十萬大軍攻打南京，慘敗而回。鄭軍元氣大傷，鄭成功感於清朝統治逐漸穩固，而鄭軍困守思明（廈門）孤島糧草匱乏，難以提供數萬大軍給養，開始思考取得另外的根據地以為整補。
順治十八年（1661年）三月，鄭成功親率2.5萬名兵將，分乘百艘戰船，從金門出發。他們冒著風浪，越過台灣海峽，在澎湖休整幾天準備直取台灣。荷蘭侵略軍聽說鄭成功要進攻台灣，十分驚恐。他們把軍隊集中在台灣（今台灣東平地區）、赤嵌（今台南）兩座城堡，還在港口沉破船阻止鄭成功船隊登岸。鄭軍乘海水漲潮將船隊駛進鹿耳門內海，主力從禾寮港登入，從側背進攻赤嵌城，並切斷了與台灣城的聯繫。戰鬥中，侵略軍以“赫克托”號戰艦攻擊，鄭成功一聲令下，把敵軍緊緊圍住，60多隻戰船一齊發炮，把“赫克托”號擊沉。與此同時，又擊潰了台灣城的援軍。赤嵌的荷蘭軍在水源被切斷，外援無望的情況下，向鄭軍投降。盤踞台灣城的侵略軍企圖負隅頑抗，鄭成功在該城周圍修築土台，圍困敵軍8個月之後，下令向台灣城發起強攻。至此，鄭成功從荷蘭侵略者手裡收復了淪陷38年的中國領土台灣。這場戰爭結束了荷蘭東印度公司在中國台灣的經營，開啟了明鄭政權對台灣的統治。
清朝態度
清朝入關之初，因忙於統一戰爭，無暇顧及台灣。自從康熙以來，清朝內地的反抗逐漸平息，政局趨於穩固，而在台灣的鄭氏則時刻想侵擾清政權。鄭成功收台的次年即病逝，繼位的鄭經利用康熙初年三藩之亂的機會，渡海西攻清朝福建、廣東沿海。康熙十三年（1674年）耿精忠回響吳三桂發起的叛亂，以提供戰船給鄭經，換取出兵，鄭經應允此事。泉州、漳州、潮州陸續投靠鄭經。康熙十五年（1676年），廣東尚之信再次遭鄭軍擊敗，只得加入三藩反清陣營，並將惠州割讓給鄭經。三藩之亂後期，清軍逐漸占據優勢，鄭氏在閩粵沿海的勢力開始被驅逐出去。一方面，鄭氏不斷對東南沿海的侵襲影響到清朝東南賦稅之地的穩定，同時也不利於南方民心的穩定；另一方面，台灣的鄭氏也被認為是明朝正統，成為反清復明的最後基地。台灣繼續孤懸海外，不利於多民族封建專制主義中央集權國家的鞏固和統一。因此，清朝收取台灣勢在必行。
康熙帝玄燁早在康熙初年，清朝就與台灣鄭氏當局有了交流。在康熙元年（1662年）鄭成功病逝後不久，清廷即派人前往廈門招撫鄭經。其時，鄭經與其叔父鄭世襲火併正烈，鄭經害怕清廷“指日加兵，內外受困”，因此，陽奉陰違，虛與應付，以“苟延歲月”。第二年，鄭經得勢，則提出“請如琉球、朝鮮例，不登岸，不剔發易衣冠” 。清廷當然不會答應，雙方仍成對峙局面。當年十月，清軍分三路攻廈門等地，清軍擊敗鄭軍，攻占了廈門。鄭經退守銅山。後鄭軍軍官眼看大勢已去，紛紛率兵降清，致使鄭軍在大陸沿海據點紛紛失守。康熙三年（1664年）清廷授福建提督水師總兵官施琅為靖海將軍，令其統帥水師，前往征剿鄭經。施琅率水師先後三次渡海，均因颱風襲擊而未成功。康熙六年（1667年），清廷又派福建招撫總兵官孔元章先後兩次渡海招撫鄭經，但鄭經仍頑固地堅持所謂“朝鮮例”，招撫未成。康熙七年（1668年）初令施琅來京師，商討進兵台灣的大計。施琅到京師後，詳陳武力統一台灣的意見，但因當時天下初定，沿海地區人心未穩，施琅的意見未被採納。不過，康熙帝意識到武力統一台灣只是時間問題，因此儘管未採納施琅的意見，但命其為內大臣，留在京師，以備應急之用。
三藩之亂結束後，清朝的統治更加穩固，收復台灣事宜就被提上了日程，康熙帝對收取台灣的事務十分熱心。康熙十六年（1677年），康熙帝恢復福建水師體制。康熙十八年（1679年），康熙帝任命湖南嶽州水師總兵官萬正色為福建水師提督。至是年年底，福建水師有戰船240艘，官兵28580名。 康熙十九年（1680年），鄭經和清朝的戰爭失利，放棄廈門、金門，退往台灣。 福建總督姚啟聖打算趁勢進攻台灣，但遭福建水師提督萬正色反對，加上一些大臣支持萬正色的看法，康熙帝也顧慮在西南的吳世璠未解決，決定暫緩進攻。
康熙二十年（1681年），鄭經中風而死，鄭氏台灣內部發生政變，年僅12歲的鄭克塽繼任延平王，大權實際上為馮錫范、劉國軒掌握，鄭氏官員向心力開始動搖，負責與清朝談和的傅為霖甚至願當內應。 姚啟聖認為是進攻台灣的好時機，但萬正色仍反對出兵。 姚啟聖知道施琅仇視鄭氏王朝，必能幫助他擊敗鄭軍，便向康熙帝推薦施琅。康熙帝也不滿萬正色反戰的態度，便同意施琅擔任水師提督，萬正色調任陸師提督。
直接原因
施琅掌權
施琅按照康熙帝規劃，應由姚啟聖、萬正色、巡撫吳興祚一起商討作戰，施琅卻打算排除姚啟聖等人的節制，以便能全權進攻台灣，不過康熙帝只同意吳興祚負責後勤，仍然命令姚啟聖和施琅共同出兵。
康熙二十一年五月初五（1682年6月10日），清軍抵達銅山島，姚啟聖和施琅卻在爭執出兵時機，姚啟聖主張利用冬天的北風，施琅主張利用夏天的南風，導致清軍無法順利出兵。最後康熙帝於十月初六（11月15日）裁定施琅負責前線作戰，姚啟聖改任後勤作業，才讓施琅如願取得統帥權。 十一月初三（12月1日）施琅率領約21000人，軍艦238艘前往興化平海衛訓練軍隊。
姚啟聖軍權旁落後，為避免施琅獨得戰功，轉而和鄭氏王朝談判。但是施琅主戰意志堅決，且負責談判的劉國軒不接受剃髮易服， 談判因此破裂。康熙二十二年五月廿三日（1683年6月17日）康熙帝下令施琅儘速進攻，因此爆發六月（陽曆7月）的澎湖海戰。
鄭軍動向
康熙十八年（1679年）起，清朝實施遷界令，嚴重打擊鄭氏王朝的貿易，糧食補給也出現問題，鄭經下令每戶人家每個月必須多繳一斗米，將領也必須用自己的俸祿充軍， 仍沒辦法解除危機。當時英國商館就如此看待鄭氏王朝： “台灣王之境況甚不安定，不易抵抗滿清人，滿清人常施恫赫，國王因其財富被消耗，故每日向人民橫徵暴斂，亦不能使軍隊滿意。是以我國不惟受敵人（清軍）之威脅，亦恐軍隊（鄭軍）因缺餉而叛變。”
康熙十九年（1680年），鄭經退守台灣後，澎湖成為前線要地，防守卻很薄弱。直到十月，施琅抵達廈門以及傅為霖為清軍內應事情爆發， 劉國軒才前往澎湖強化守備。劉國軒抵達澎湖後，在娘媽宮、風櫃尾、四角嶼、雞籠嶼築城； 東蒔、西蒔、內塹、外塹、西嶼頭、牛心山設定炮台。同時在海邊建造矮牆並配置火銃，阻止清軍登入。
康熙二十二年（1683年），劉國軒得知施琅準備進攻，便從台灣本島調度鄉兵到澎湖，並將商船以及私人用船都改為軍艦（大小炮船、鳥船、趕繒船、洋船、雙帆等各式戰船約200艘）， 準備決戰。
戰爭經過
施琅出動
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅從銅山島出發，姚啟聖也撥3000人同施琅出征（清軍24000人，大鳥船70艘、趕繒船103艘、雙帆居船65艘）。 十五日（9日）鄭軍哨船發現清軍已到花嶼、貓嶼一帶， 趕緊回報劉國軒，當晚清軍在八罩島過夜。
十六日（10日）施琅進攻娘媽宮，以速度快的鳥船當作先鋒。劉國軒讓林升、江勝指揮水軍；邱輝為先鋒， 自己在娘媽宮港口督戰。當時受風勢阻擾，清軍不敢前進，只有以藍理為首的7隻艦隊突入鄭軍。
施琅再派出第二波鳥船部隊，交戰不久後開始漲潮，一些清軍船隻被海水沖向岸邊，鄭軍趁勢將艦隊分成兩翼包圍清軍。 施琅見狀趕緊突入鄭軍，想解救被圍困的船隻，卻被林升率軍包圍。施琅在交戰中被火銃射傷右眼，不過沒有失明； 林升也被大炮打斷左腿。林升負傷讓鄭軍失去指揮，施琅藉機撤離戰場，到西嶼附近的海上休息。
施琅於十七日（11日）返回八罩島，八罩島地形險惡，船隻遇暴風很容易撞上島邊的暗礁，農曆六月又是容易發生颱風的時節， 施琅卻很幸運沒碰到颱風。 劉國軒得知清軍在八罩島休息，親自進攻卻被施琅擊退。 施琅趁勢於十八日（12日）先派戰船攻取澎湖港外虎井嶼、桶盤嶼。
清軍總攻
澎湖海戰二十二日（16日）早七時，施琅決定發動總攻擊，將艦隊分成三路進攻，剩下約80艘當後援部隊：
•中路：共有56艘船，分成8隊，每隊有7艘船。由施琅親自指揮，作為主力進攻娘媽宮。
•右路：共有50艘船，由總兵陳蠎等從澎湖港口東側東蒔攻入雞籠嶼、四角嶼，之後會合中央部隊夾攻鄭軍。
•左路：共有50艘船，由總兵董義等從澎湖港口西側內塹攻入牛心灣，讓鄭軍誤判清軍要在此地登入。
天亮前，開始颳起颱風。辰時（7時—9時）受颱風影響，海上吹起西北風，鄭軍順著風勢進攻，一時處於優勢，清將朱天貴被炮擊而死。到了中午，颱風受到赤道鋒面帶的影響，海上開始吹南風，風向轉變成對清軍有利。施琅命令全軍反攻，順著風勢發射各種火器，並且以數船圍攻鄭軍一船，鄭軍全面崩潰，江勝戰死、邱輝自焚。共斃傷鄭軍12000人，俘5000餘人。擊毀、繳獲戰船190餘艘。劉國軒眼見大勢已去，率領殘餘部隊從北面吼門退往台灣，澎湖各島鄭軍都向施琅投降。清軍陣亡329人，傷1800餘人，船隻無一損失。
善後事務
施琅戰勝後，考慮台灣水道非常險惡，進軍困難。施琅決定暫緩進攻，採取攻心戰術，讓鄭氏王朝從內部崩潰。施琅在澎湖禁止殺戮，張榜安民；發布《安撫輸誠示》。派原劉國軒副將曾蜚赴台。 派人醫治受傷戰俘，並配給他們衣服、糧食，再將士兵送回台灣。 還拉攏鄭軍將領為內應，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他將領也跟進。
鄭軍戰敗訊息傳到台灣，人心開始不安。為了延續政權的生存，有將領提出進攻菲律賓，得到馮錫范同意。卻傳出遠征軍只想搶劫，還打算逃往海外，因此劉國軒阻止此計畫。七月十三日（9月3日），施琅率軍在台灣登入。後來在劉國軒大力主張下，鄭克塽於七月十五日（9月5日）向施琅投降， 並於八月十八日（10月8日）剃髮易服， 鄭氏王朝正式滅亡。
鄭克塽投降後，清廷為了是否把台灣併入版圖產生爭論，不少大臣認為台灣孤懸海上，治理以及防守花費不小，主張棄守。最後施琅以台灣戰略地位重要，說服清廷將台灣併入版圖。
戰爭結果
康熙二十二年（1683年）六月十四日，施琅率領戰船300 余艘，水師2萬餘人，仍自銅山出洋，第2天上午，戰船即陸續到達澎湖海外。十六日曾發生小規模海戰，雙方各有損傷。二十二日清軍分三路出擊，與鄭軍決戰，施琅親率主力擔任中路主攻。清軍利用“風利舟快，瞬息飛駛，居上風上流之勢，壓攻擠擊” ，一鼓作氣，經過七八個小時激戰，大敗鄭軍。劉國軒率所剩幾隻小舟逃回台灣。澎湖為台灣門戶，一旦失守，台灣即失去了屏障。施琅派員到台灣勸降，聯絡劉國軒。劉國軒見大勢已去，於是派兵監視鄭氏統治集團，鄭克塽、馮錫范只得上表求降，八月清軍勝利進駐台灣。由於鄭氏集團政治腐敗，所以清廷統一台灣得到台灣各族人民的支持和擁護，清軍至台灣時“百姓壺漿相繼於路，海兵皆預製清朝旗號以迎王師” 。
勝敗原因
明鄭
交戰雙方的兵力大體相當，鄭軍經營澎湖多年，設防據守，以逸待勞；清軍渡海作戰，遠來疲憊。鄭軍處於有利態勢，而結果卻一敗塗地，全軍覆沒。除政治腐敗，士氣不高以外，指揮上的失著應是一個重要原因。
首先是防禦部署上的錯誤。鄭軍只注意防守八罩水道以北的北大山、西嶼、北山等大島，而忽視了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盤、花嶼、貓嶼等諸小嶼設防，這就使南來的清軍水師得以乘虛入據，成了清軍駐泊、休整和出擊的前進基地。
其次是消極防禦，貽誤戰機。當清軍水師經過30多小時的航行，抵近澎湖時，鄭軍宣毅左鎮邱輝對劉國軒說：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚搖，輝願領煩船十隻，同左虎衛江勝貫陣卻之。”建威中鎮黃良驥也說：“先發制人，半渡而擊，正合兵法。”劉國軒卻說：“炮台處處謹守，彼何處灣泊？當此六月時候，一旦風起，則彼何所容身？此乃以逸待勞，不戰可收全功也。”遂按兵不動，使清軍水師得以順利到達澎湖，環泊花、貓二嶼。邱輝又建議：“乘夜潮落，沖舟宗擊之”，又遭拒絕。十六日，清軍出戰不利，千帥受傷。邱輝建議乘勝夜襲，劉國軒仍以等待颶風使彼自覆為由未予採納。邱輝說：“兵法有云：半渡可擊，立營未定可擊，乘虛可擊；今敵患三者，而不乘其勢，若早晚無風，合萬人為一心而死戰，將奈何？”劉國軒不聽部屬的合理建議，三次放棄殲敵的有利戰機，把取勝的希望完全寄托在可期而不可必的風暴上，結果是風未至而兵已敗。
第三是冒險決戰，全軍覆沒。戰史上因主帥胸無全局，遷就眼前事變，由消極防禦變為冒險決戰的事例時有發生。鄭軍的作戰方針本來是以澎湖為重點設防固守，劉國軒本人也不願主動出擊，而是指望海上風暴會使清軍不戰而敗。既然如此，就應該充分利用防禦工事，保存有生力量，避免與清軍決戰。劉國軒見不及此，當施琅發起總攻時，亦率全部海上兵力迎戰，終於全軍覆沒。
清朝
在澎湖海戰中，清軍之所以取勝，除戰船裝備精良，將士作戰勇敢之外，也是與作戰指揮的正確分不開的。清軍水師統帥施琅“治軍嚴整，通陣法，尤善水戰，諳海中風候” ，因此在指揮上有許多獨到之處。在渡海時間上，他一反在東北風季節渡海的傳統，選在西南風始發的六月中旬。有人間這是什麼原故，施琅說：“北風日夜猛，今攻澎湖，未能一戰克，風起舟散，將何以戰？夏至前後二十餘日，風微，夜尤靜，可聚泊大洋，觀釁而功，不過七日，舉之必矣。”
這種選擇曾經遭到姚啟聖等人的強烈反對，但施琅始終不為所動。實戰證明，這一選擇是正確的，它保障了清軍水師在發起總攻前的安全錨泊。在渡海航路上，以往從大陸到台灣，都從金、廈出航，而施琅又一反慣例，把出航點選在靠南的銅山島。因為水師從銅山出航後可利用西南風，直取澎湖以南鄭軍未設防的諸島嶼，以作為前進基地，然後向北轉入澎湖海域，這樣便始終處於順風順流的有利陣位。實戰證明，這種選擇是正確的，取得了預期的效果。在戰術上，集中兵力，速戰速決。澎湖海域六月多風，深諳海情的施琅是知道的，在初戰小挫之後，便立即抓緊再戰準備，並不失時機地發起總攻。施琅除分兵二路，從東、西兩個方向進行佯動和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力戰船，並以五船合攻一船，逐次殲滅了鄭軍主力，而清軍水師卻無一船損失。一場大規模海戰，損傷如此懸殊，這在海戰史上也屬鮮見。
歷史影響
清朝統一台灣後，施琅懇切陳辭，闡述利害，得到大學士李蔚、工部侍郎蘇拜、都察院左御史趙麟等人的贊同和支持，於是康熙帝始決定堅守台灣，在台灣設台灣府，下轄台灣、諸羅、鳳山三縣，隸屬福建省。台灣、廈門合派一道官管轄。並派兵8000 人駐防，設總兵一員，副將二員，澎湖亦派副將一員統兵2000 人駐防。這樣，台灣重新統一於清王朝中央政府的管轄。
相關評價
清朝統一台灣，使台灣重新回到祖國統一的多民族大家庭中，這不僅對國家統一具有重要意義，對台灣的經濟、文化的進一步發展也具有重要意義。後來事實證明，台灣經濟、文化的進一步振興，正是在台灣重新統一於清朝中央政權管轄之後。
軼事典故
依據《天妃顯聖錄》記載： 施琅進攻澎湖時，抵達八罩島，島上缺乏淡水。清軍挖開退潮後的沙地，發現有淡水可供飲用。媽祖還告訴清軍“二十一日必得澎湖，七月可得台灣。”和鄭軍決戰的日期，清軍將士還看到媽祖現身。施琅認為是媽祖庇佑清軍戰勝，因此於康熙二十三年（1684年），康熙帝加封媽祖為護國庇民妙靈昭應仁慈天后。
