指具有引導型病毒和檔案型病毒寄生方式的計算機病毒，所以它的破壞性更大，傳染的機會也更多，殺滅也更困難。這種病毒擴大了病毒程式的傳染途徑,它既感染磁碟的引導記錄,又感染執行檔。當染有此種病毒的磁碟用於引導系統或調用執行染毒檔案時,病毒都會被激活。因此在檢測、清除複合型病毒時,必須全面徹底地根治,如果只發現該病毒的一個特性,把它只當作引導型或檔案型病毒進行清除。雖然好像是清除了,但還留有隱患,這種經過消毒後的“潔淨”系統更賦有攻擊性。這種病毒有Flip病毒、新世際病毒、One-half病毒等。
按對主機危害程度的不同，通常將電腦病毒分為三個級別：宏病毒、檔案感染病毒（也稱應用程式感染病毒）以及引導區病毒。宏病毒的危害程度最輕，通常是感染一些文字處理程式，表現現象為在文檔中插入一些非法字元或短語。後兩種病毒危害程度較大，混合型病毒通常是結合後兩種病毒的特點，這樣既可以增大病毒的危害程度，也增強了病毒的隱蔽性。檔案感染型病毒在用戶每次執行執行檔時就會自動載入。引導區病毒在計算機啟動時感染作業系統，每次開機都會感染病毒。
由於混合型病毒（hybrid virus）難以根除。因此安全專家建議：要以預防病毒感染為主。可以參考下列手段預防病毒感染：安裝防毒軟體，並保持病毒庫更新；對不明電子郵件以及附屬檔案不要輕易查看；避免從不明網站上下載程式。
