淳安縣疾病預防控制中心成立於2000年10 月10日，其前身為1956年5月成立的“淳安縣衛生防疫站”，隸屬於淳安縣衛生和計畫生育局，是具有獨立法人地位的公益一類公共衛生事業單位。中心的主要職責包括：疾病預防與控制（傳染病、慢性病、地方病、寄生蟲病、預防接種管理等）、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預（食品安全風險監測、飲用水監測、公共場所監測、職業衛生監測、消毒質量監測、學校衛生監測、病媒生物監測、死因監測等）、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進、預防醫學技術管理與套用研究，基層醫療衛生機構疾控業務技術指導（培訓）。
中心於2011年10月起搬遷到千島湖鎮環湖北路1859號淳安縣公共衛生中心，現有房屋建築總面積3522平方米，其中實驗樓建築面積2220平方米。中心內設8個科室，其中職能科室2個：綜合辦公室和財務科，業務科室6個：疾病控制一科、疾病控制二科、免疫規劃管理科、衛生監測科、檢驗科、健康教育科。現有在編職工34人，其中專業技術人員33名（其中衛技人員31人）。
中心實驗室擁有美國安捷倫氣相色譜儀、美國熱電原子吸收光譜儀、美國戴安離子色譜儀、日本島津液相色譜儀等大型高精儀器設備。建有愛滋病篩查實驗室、結核桿菌痰檢培養實驗室、百級潔淨實驗室、分子生物學實驗室及食品衛生、環境衛生等一批專用實驗室。2002年取得浙江省質量技術監督局實驗室計量認證合格證書；2003年取得浙江省衛生廳愛滋病初篩實驗室資質；中心目前取得計量認證資質的檢測項目涵蓋了食品、生活飲用水、食品中農藥殘留、食(飲)具、公共場所和室內環境、工作場所、消毒滅菌、一次性醫療衛生用品、醫療機構污水、疾病控制等10大類265項(食品及飲用水82項，非食品183項)。
