主要職能
根據《中共深圳市委 深圳市人民政府關於印發<深圳市人民政府機構改革方案>的通知》（深辦[2009]9號），設立深圳市人民政府台灣事務辦公室（簡稱市台辦，掛中共深圳市委台灣工作辦公室牌子），為市政府工作部門和市委對台工作的日常辦事機構。
主要職能
1.貫徹執行中央、國務院對台工作的方針政策；提出本市對台工作有關建議。
2.組織、指導、管理、協調市直各部門和各區的對台工作，指導、管理各民主黨派、市工商聯及其他社團組織的涉台工作。
3.會同有關部門協調指導對台經貿工作。
4.協調指導深台兩地文化、教育、科技、新聞、衛生、體育、婦女、青少年等領域的交流與合作。
5.協調指導對台宣傳、涉台新聞報導和涉台教育工作；承擔有關涉台事務新聞發布工作。
6.承擔與台灣各黨派、政治團體的聯絡、交流工作。
7.依法保護台灣同胞的合法權益；協調深台兩地的“三通”工作。
8.承擔市委對台工作領導小組辦公室的日常工作
9.承辦市委、市政府和上級部門交辦的其他事項。
內設機構
秘書處負責本辦黨務、紀檢、監察、機構編制、人事、工青婦、行政、財務、後勤等工作；承擔文秘、檔案、保密、業務督辦工作；承擔信息化建設工作；組織涉台調查研究，編寫有關參考訊息。
經濟處開展對台經貿交流工作，承辦深台兩地“三通”協調工作；組織經貿赴台工作；促進建立健全台商服務體系，為台資企業服務；承辦台胞捐贈初審報批；協調處理涉台經貿投訴工作。
聯絡處（新聞宣傳處）承擔協調與台灣各黨派、政治團體交流和中、上層人士聯絡工作；承擔對台宣傳及審批、管理台灣記者來深采訪；承辦初審報批深圳（團體）居民赴台交流和台灣（團體）人士來深交流項目工作；受理台胞投訴協調工作；承擔台胞救助工作。
