線路站點
線路方向
據2018年10月深圳公交官網信息顯示，深圳公交M313路上行線路起於南航明珠花園北門，途徑航空路、順昌路、航城大道、寶源路、銀田路、興業路、西鄉大道、西鄉立交、西鄉大道、前進二路、前進一路、創業二路、留仙三路、留仙大道、創科路、一號路、茶光路、同樂路、南頭立交、南海大道、北環南海立交橋、北環大道、科苑北路、深南科苑立交橋、科苑路、高新南四道、科技南路、白石路、深灣二路、白石三道，最終到達沙河東公交總站。
深圳公交M313路下行線路起於沙河東公交總站，途徑深灣一路、白石路、科技南路、高新南四道、科苑路、深南科苑立交橋、科苑北路、朗山路、南海大道、南頭立交、同樂路、茶光路、一號路、創科路、留仙大道、留仙三路、創業二路、前進一路、前進二路、西鄉大道、西鄉立交、西鄉大道、興業路、銀田路、寶源路、航城大道、順昌路、航空路，最終到達南航明珠花園北門。
沿線車站
據2018年10月深圳公交官網信息顯示，深圳公交M313路上行線路共設車站43座；下行線路共設車站45座。
• 上行車站
| 序號 | 公交站名 | 城市軌道交通站點 | 換乘路線 |
| 1 | 南航明珠花園北門 | / | / |
| 2 | 全一電子 | / | / |
| 3 | 安樂工業區 | / | / |
| 4 | 華創達科技園南 | / | / |
| 5 | 固戍井灣新村 | / | / |
| 6 | 固戍海濱新村 | / | / |
| 7 | 固戍污水廠 | / | / |
| 8 | 西鄉體育中心西 | / | / |
| 9 | 恒生醫院 | / | / |
| 10 | 玉湖灣花園 | / | / |
| 11 | 碧海公館 | / | / |
| 12 | 富通城二期 | / | / |
| 13 | 西鄉鹽田大門 | / | / |
| 14 | 大益廣場 | / | / |
| 15 | 麗景城 | / | / |
| 16 | 富盈門 | / | / |
| 17 | 雁盟文化產業園 | / | / |
| 18 | 安華工業區 | / | / |
| 19 | 諾鉑廣場 | / | / |
| 20 | 公園路西一巷 | / | / |
| 21 | 靈芝公園北 | / | / |
| 22 | 洪浪北捷運站 | / | / |
| 23 | 新安稅務所 | / | / |
| 24 | 新福市場(1) | / | / |
| 25 | 金威啤酒廠 | / | / |
| 26 | 留仙三路 | / | / |
| 27 | 匯聚創新園 | / | / |
| 28 | 南山福利中心 | / | / |
| 29 | 中興人才公寓東 | / | / |
| 30 | 第二高級中學 | / | / |
| 31 | 直升機場 | / | / |
| 32 | 北環科苑天橋 | / | / |
| 33 | 海能達大廈 | / | / |
| 34 | 科苑立交南 | / | / |
| 35 | 科苑北 | / | / |
| 36 | 深南科苑立交北 | / | / |
| 37 | 高科技中心 | / | / |
| 38 | 中興通訊 | / | / |
| 39 | 高新公寓 | / | / |
| 40 | 高新公寓南 | / | / |
| 41 | 沙河信息園 | / | / |
| 42 | 中信紅樹灣 | / | / |
| 43 | 沙河東公交總站 | / | / |
| 參考資料（截至2018年10月） | |||
• 下行車站
| 序號 | 公交站名 | 城市軌道交通站點 | 換乘路線 |
| 1 | 沙河東公交總站 | / | / |
| 2 | 海濱實驗國小 | / | / |
| 3 | 中信紅樹灣 | / | / |
| 4 | 沙河信息園 | / | / |
| 5 | 高新公寓 | / | / |
| 6 | 中興通訊 | / | / |
| 7 | 高科技中心 | / | / |
| 8 | 深南科苑立交北 | / | / |
| 9 | 科苑北 | / | / |
| 10 | 科苑北環立交 | / | / |
| 11 | 海普瑞 | / | / |
| 12 | 直升機場 | / | / |
| 13 | 第二高級中學 | / | / |
| 14 | 中興人才公寓東 | / | / |
| 15 | 深職院西校區 | / | / |
| 16 | 南山福利中心 | / | / |
| 17 | 匯聚創新園 | / | / |
| 18 | 留仙三路 | / | / |
| 19 | 金威啤酒廠 | / | / |
| 20 | 新福市場(1) | / | / |
| 21 | 新安稅務所 | / | / |
| 22 | 洪浪北捷運站 | / | / |
| 23 | 靈芝公園北 | / | / |
| 24 | 公園路西一巷 | / | / |
| 25 | 諾鉑廣場 | / | / |
| 26 | 文匯中學 | / | / |
| 27 | 安華工業區 | / | / |
| 28 | 雁盟文化產業園 | / | / |
| 29 | 富盈門 | / | / |
| 30 | 麗景城 | / | / |
| 31 | 寶安文具批發市場 | / | / |
| 32 | 大益廣場 | / | / |
| 33 | 西鄉鹽田大門 | / | / |
| 34 | 富通城二期 | / | / |
| 35 | 碧海公館 | / | / |
| 36 | 玉湖灣花園 | / | / |
| 37 | 恒生醫院 | / | / |
| 38 | 西鄉體育中心西 | / | / |
| 39 | 固戍污水廠 | / | / |
| 40 | 固戍海濱新村 | / | / |
| 41 | 固戍井灣新村 | / | / |
| 42 | 華創達科技園南 | / | / |
| 43 | 安樂工業區 | / | / |
| 44 | 全一電子 | / | / |
| 45 | 南航明珠花園北門 | / | / |
| 參考資料（截至2018年10月） | |||
運營情況
運營時間
據2018年10月深圳公交官網信息顯示，深圳公交M313路雙向首班車為06:30，末班車為20:30。
票務指南
據2018年10月深圳公交官網信息顯示，深圳公交M313路全程票價2.5元。
