1994年9月28日,撤銷馬山子鄉,設立馬山子鎮。1994年10月24日,撤銷埕口鄉,設立埕口鎮。
1996年,無棣縣面積1940平方千米,人口約41.2萬人。轄6個鎮、12個鄉:無棣鎮、小泊頭鎮、大山鎮、水灣鎮、馬山子鎮、埕口鎮、信陽鄉、車鎮鄉、東風港鄉、大楊鄉、梁鄭王鄉、柳堡鄉、常家鄉、龐家集鄉、佘家巷鄉、西小王鄉、鄧王鄉、河溝鄉。縣政府駐無棣鎮。
1997年2月25日,撤銷河溝鄉,將其行政區域併入無棣鎮;撤銷龐家集鄉,將其行政區域併入水灣鎮;撤銷梁鄭王鄉,將其行政區域併入小泊頭鎮;撤銷大楊鄉,將其行政區域併入車鎮鄉;撤銷常家鄉,將其行政區域併入柳堡鄉;撤銷鄧王鄉,將其行政區域併入馬山子鎮(魯政函民字[1997]8號)。2000年,無棣縣轄6個鎮、5個鄉。
2000年第五次人口普查,無棣縣常住總人口423113人,其中:無棣鎮86719人,水灣鎮52108人,大山鎮24435人,小泊頭鎮42354人,埕口鎮25078人,馬山子鎮27898人,信陽鄉33532人,車鎮鄉47939人,柳堡鄉30067人,西小王鄉18902人,余家巷鄉34081人。
2004年,全縣轄6個鎮、5個鄉:無棣鎮、水灣鎮、小泊頭鎮、埕口鎮、馬山子鎮、碣石山鎮、信陽鄉、車鎮鄉、柳堡鄉、西小王鄉、佘家巷鄉。共有3個居委會、593個行政村,568個自然村。縣政府駐無棣鎮中心大街129號。
2010年第六次人口普查,無棣縣常住總人口418687人,其中:棣豐街道26206人,海豐街道81452人,水灣鎮48535人,碣石山鎮22970人,小泊頭鎮36122人,埕口鎮23950人,馬山子鎮26960人,車王鎮43878人,柳堡鎮30119人,信陽鄉30071人,西小王鄉19704人,佘家巷鄉28720人。
2010年6月,經省政府和濱州市政府批准:撤銷無棣鎮,以其原行政區域及信陽鄉部分行政區域設立海豐街道和棣豐街道;撤銷柳堡鄉、車鎮鄉,設立柳堡鎮、車王鎮。2011年,撤銷佘家巷鄉,設立佘家鎮。2012年,撤銷信陽鄉,設立信陽鎮。2013年,撤銷西小王鄉,設立西小王鎮(魯政函民字[2013]45號)。
至此,全縣轄2個街道、10個鎮:棣豐街道、海豐街道、水灣鎮、碣石山鎮、小泊頭鎮、埕口鎮、馬山子鎮、車王鎮、柳堡鎮、佘家鎮、信陽鎮、西小王鎮。其中,馬山子鎮委託濱州市北海新區管理。