海壇海峽位於閩江口南側,為平潭島與高山半島之間的狹長海區。南北長30餘公里,南北口部寬12~18公里,中間最窄處僅3.6公里,面積344平方公里。峽內多淺灘、岩礁,南、北峽口多島嶼,水道複雜。主航道寬0.5~3.2公里,水深4~40米,中小艦船可隨時通行,大型艦船候潮通過。峽內有錨地6處,可分別停泊各型艦船。蘇澳、竹嶼口、娘宮、小東山均建有碼頭,最大可泊靠千噸艦艇。
海壇海峽北口有大練島、小練島、嶼頭島,南口有草嶼、塘嶼等為屏障,錨地分散,航道水深,但海底地形複雜,風浪較大,陸上交通不太方便,僅小東山有公路至宏路,與324國道公路銜接。海壇海峽可作小型艦艇基地和大中型艦艇臨時停泊、待機的錨地。中華人民共和國成立後,曾設海壇水警區,進駐海軍護衛艇部隊,擔任護航、護漁和反小股武裝襲擾等任務,並由此出動護衛艇參加崇武以東海戰。