元·至元二年(1336年):惠安縣衙被倭寇燒毀。
元·至正七年(1347年):惠安縣衙再次被倭寇燒毀。
元 ·至正間(1341—1368年):一股倭寇在金門登入,於馬坪附近各鄉村大肆焚掠。因颱風沉船,被當地民眾全部殲滅。
明·洪武三年(1370年):
清·道光《晉江縣誌·卷18·武功志》:“明·洪武三年六月,倭寇泉州。”
又有倭寇乘數十艘船,從晉江縣蚶江登入,在沿海一帶燒殺掠奪,並騷擾惠安沿海,開明代泉州倭患之始。
明·洪武四年(1371年):明廷以倭患實行海禁政策,對“私下諸番互市者,必置之重法”。
明·洪武五年(1372年):朝廷命沿海造舟船防倭。
明·洪武七年(1374年):正月,罷福建(泉州)市舶司,嚴海禁以防倭寇。泉州官方海外通商貿易基本停止。
明·洪武八年(1375年):四月,明廷命靖寧侯葉升巡行福、興、泉、漳等衛,督造防倭海船。
明·洪武十四年(1381年):十月,明太祖“禁瀕海民私通海外諸國”。
明·洪武十四年(1381年):冬,頒《皇明世法》重申禁止“私出外境及違禁下海”之令,規定對下海通商的懲治辦法,使長期依靠海外通商的泉州沿海商民受到嚴重打擊。
明·洪武十七年(1384年):正月,明廷命信國公湯和巡視福建、浙江沿海,為防倭寇禁民下海捕魚。
明·洪武十七年(1384年):明廷實行防倭封海,廢澎湖巡檢司,徙其民於泉州南關。澎湖遂淪為倭寇巢穴。
明·洪武二十年(1387年):明廷命江夏侯·周德興到福建沿海福、興、漳、泉四府經略海防。“民戶抽三丁之一充戍兵防倭,移置衛所當要害處”。改永寧寨為永寧衛,於浯洲置金門守御千戶所,另築峰上、田浦、官澳、陳坑、烈嶼、祥芝等處巡檢司,屯兵駐守,以備倭寇。至洪武三十一年,在泉州沿海先後增設:永寧衛,福全、崇武、中左、金門、高浦5個守御千戶所,巡檢司45個,築衛所司城16座,以加強海防。
明·洪武二十年(1387年):在惠安縣崇武半島東南突擊部建崇武城,周長2567米,城基寬4.5米,連女牆高7米,開四門,設有窩鋪、城堞、箭窗,建有跑馬道、烽火台、望台、炮台,城內外有軍房、公署、兵馬司、演武廳、鐵局、館驛等等,形成比較完備的防禦體系。明永樂至清道光間先後5次大修。