科研成果
數十年來，在礦山地理信息系統數據模型、地質體動態重構及三維建模方面進行大量的研究和套用工作。在攻讀博士期間，提出了TIN與GIS一體化的、具有自適應功能的數據模型和數據結構，實現了任意複雜程度層狀空間對象幾何建模關鍵技術。在博士後工作期間，提出了處理不確定性空間數據的灰色地理信息系統的理論和技術方法，以及基於層狀空間對象的3D-GIS的數據模型、數據結構和幾何建模算法。作為組織者和主要負責人成功開發了具有我國自主著作權的資源地理信息系統，主持開發的煤礦地測空間管理信息系統獲科技部表彰（2004年、2006年、2007年度優秀國產GIS軟體），其成果填補了國內空白，達到國內同類項目的領先水平。
先後承擔了“新汶礦業集團翟鎮煤礦數位化礦井技術的研究”、“兗礦集團生產管理信息系統”、“伊敏五牧場、露天礦電子地質報告及管理信息系統的開發和研究”、“潞安礦業集團安全生產管理信息系統的設計與研究”、“神東公司煤質預測預報系統”等30多個橫向課題的項目負責人，負責了博士後基金“煤礦三維地理信息系統的理論及地層和巷道實體虛擬環境”的研究、國家自然科學基金“地層及巷道實體虛擬環境及技術的研究”等5個基金項目。
目前承擔了50多個大中型礦業集團的煤礦地測管理信息系統的開發與套用。
參與編寫的著作、發表的論文、所負責的項目多次獲獎，其中“中國煤田定量勘探學的研究”，獲中國礦業大學96-97年度科技進步一等獎。科研成果“煤礦地測空間管理信息系統”獲2004年度中國煤炭工業協會科技進步二等獎（省部級），“基於組件技術的煤礦地測管理信息系統”榮獲2007年度教育部科技進步一等獎（省部級）。科研成果“中國煤礦瓦斯地質規律與套用研究”獲2011年度國家科技進步二等獎。科研成果“煤礦通風瓦斯超限預控與監管技術及系統 ”獲2012年度國家科技進步二等獎。在國內外刊物上發表論文100餘篇，論著2部。
論著
1. 許友志,毛善君,王景華著.定量煤田勘探學及計算機地質繪圖.徐州：中國礦業大學出版社,1994
2. 宋建成,毛善君,李中州,李梅著.礦山瓦斯防治導航系統.北京:煤炭工業出版社,2007
代表性論文
1. 毛善君,許友志,冉隆振,楊永國.疏係數自回歸模型及其在礦井湧水量預測中的套用.中國礦業大學學報,1991,20(2): 85-90
2. 毛善君,張大順.計算機自動快速三角聯網法.測繪學報,1991,20(4):303-310
3. 毛善君,鄭升飛.煤和瓦斯突出的動態預測.煤田地質與勘探,1992,20(2):36-39
4. 毛善君.計算機自動繪製煤岩層對比圖.煤田地質科技動態,1992,(2)
5. 許友志,毛善君.曲面磨光法及其在煤田隱伏構造預測中的套用.中國礦業大學學報,1993,22(1):44-53
6. 毛善君.幾種計算機自動註記等值線圖算法的探討.礦山測量,1993,(3):45-47,27
7. 許友志,周榮福,毛善君.煤田勘探定量化系統的研究.煤炭學報,1993,18(4)
8. 毛善君,許友志,張海榮.空間地質模型及其可視化系統.中國數學地質,地質出版社,1996
9. 毛善君.煤礦地理信息系統數據模型的研究.測繪學報,1998,27(4):331-337
10. 毛善君.自動構建複雜地質體數字高程模型的方法研究.測繪學報,1999,(1):57-61
11. Mao Shanjun,ZhangHairong. The Theory and Technical Way of Achieving Dynamical Management of CoalminesInformations, Mining Science and Technology ’96, A.A.Balkema,Rotterdam,Printedin the Netherlands
12. Xu Youzhi,MaoShanjun. The Theory and Method of Quantitative Coalfield Exploration. Journal of China UniversityMining & Technology,1996,6(2)
13. 李傑,毛善君,張海榮,許友志.層狀礦床的三維仿真與動態顯示.中國礦業大學學報,1999,(3):335-337
14. 張海榮,毛善君,許友志,張迎弟,馮恩傑,李萬忠.煤礦地測綜合管理信息系統研究.中國礦業大學學報,1999,28(4):429-432
15. Mao Shanjun.Research on Theory and Methods of Coalmine Information System.Mining Scienceand Technology ’99
16. Mao Shanjun ,MaAinai. Studying on model of gray geographic information system.’99DGIS,1999.10
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18. 毛善君,劉橋喜等.基於ODBC的礦山資料庫管理系統開發的研究.計算機工程,2000,26(11): 65-66,153
19. 沈大勇,毛善君,馬藹乃.地質體三維模型實驗研究. 計算機工程,2001,27(3):49-50
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21. 孫敏,馬藹乃,毛善君. 3DGIS中樹的表達與可視化研究.計算機輔助設計與圖形學學報, 2001,13(10):901-905
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23. 毛善君.實現地質空間數據動態管理的理論和技術基礎—灰色地理信息系統.教育部21世紀高校GIS發展戰略研討會,2001年5月
24. 毛善君,吳瑞葉. 校準數位化礦圖的一種實用算法——格網限制法.煤田地質與勘探, 2002,30(3): 12-13
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26. 熊偉,毛善君,馬藹乃. 煤礦虛擬環境的巷道幾何建模及關鍵算法研究.測繪通報, 2002 (8):15-16,21
27. 熊偉,毛善君,馬藹乃. 基於觀察者的碰撞檢測技術在虛擬環境漫遊中的套用. 計算機套用, 2002,22(11):6-7,10
28. 熊偉,毛善君,馬藹乃. 面向地質套用的三維數據模型研究. 煤田地質與勘探, 2002,30(6): 11-15
29. 劉橋喜,毛善君,雷小平. 基於B/S模式地測遠程管理信息系統的實現. 煤炭科學技術,2003,31（1）:11-15
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36. 毛善君,熊偉.煤礦虛擬環境系統的總體設計及初步實現.煤炭學報,2005,30（5）:571-575
37. 李梅,毛善君,馬藹乃.平行輪廓線三維礦體重建算法.計算機輔助設計與圖形學學報,2006,18（7）:1017-1021
38. 王紅岩,毛善君.煤礦地質剖面圖的計算機矢量化方法探討.計算機工程與科學,2005,27（10）:35-36
39. 劉亞靜,毛善君,郭達志,蘇里.基於VC++和OpenGL的礦體三維可視化系統研發.煤炭工程,2006,（5）:100-102
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41. S. J. Mao,S. L. Peng, J. Z. Chen, M. Li, Study On Overlaying Remote Sensing Image OnSurface-Underground Contrast Plan. ISPRS 2008
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