1997年佛協投資30萬元對尼眾班教學樓進行改造，平房改為2層樓房，學院條件大為改善。1997年、2000年、2003年共招收3屆尼僧，每屆招生20多人，均為三年制。學員除了學習華嚴宗、天台宗、惟識宗、淨土宗、律宗等宗的經論外，學院還開設佛教史、古代漢語、現代漢語、史哲、政策、書法、財會等課程。其中政策由武漢市民宗委承辦；古代漢語、現代漢語、財會課程分別由華中科技大學、京山教育局、中南財大老師張躍生、沈仕琪、劉小年等擔任；書法課由本樂法師擔任。
辦學期間，派學員到各地學習。印宗、果暢參加了全國第一次比丘尼執事進修班；1996年，印宗參加新加坡主辦的淨宗人才培訓班；1998年，印宗、堅海、果勇、果暢參加在福建舉行的全國比丘尼傳戒培訓班。尼眾學院辦學10餘年來，培養了眾多具有預科、本科、研究生學歷的尼僧，大都成為當今佛教屆骨幹。武漢市各比丘尼寺院主要執事如鐵佛寺當家隆華、棲隱寺當家大成、龍華寺智宏、智融及蓮溪寺印宗、果暢等大都畢業於此。其中印根遠涉重洋到美國去弘法，印宗為蓮溪寺副寺、武漢市佛協副會長，照蓮為蘇州文山寺尼和尚，宏國為廣西佛協秘書長等。
2003年於藉助武漢教育優勢，市民宗委與華中科技大學聯合舉辦研究生學習班，市佛教協會推薦9名僧人參加學習，圓滿完成學習任務。現武漢市約有60名尼僧曾就讀宗教院校，大專以上文化程度20名，研究生學歷的近10名，提高了中青年僧才的素質。
