傳奇出身
楠本稻系德日混血兒，父親是德國籍醫生菲利普·弗朗茲·馮·西博爾德（Philipp Franz von Siebold，1796年－1866年），母親為日本女子楠本瀧。
楠本稻的生父西博爾德出身德國巴伐利亞州維爾茨堡的一個醫學世家，著名的內科醫生，植物學家，旅行家，日本器物收藏家。
1823年（日本文政六年），西博爾德受荷屬東印度總督的委託，前往長崎出島，成為荷蘭人居留地的醫生。
1824年（日本文政七年），西博爾德得到德川幕府特許，離開出島，在長崎的街市上開辦了鳴瀧塾，一面為普通日本人診療，一面為前來學習西洋醫學的日本年輕人開設醫學講座。由於西博爾德醫術高超，並且為日本培養了一批近代醫學人才，因此長崎奉行特別準許西博爾德隨時自由外出就診，西博爾德成為了當時在日本唯一擁有此特權的外國人。
1826年（日本文政九年），西博爾德赴江戶，為十一代將軍德川家齊體檢，受到嘉獎。同年，在長崎邂逅了日本女子楠本瀧，產生戀愛關係，次年，楠本稻為西博爾德生下一女，即楠本稻。荷蘭語名字為伊恩。
不幸童年
1828年（日本文政十年），楠本稻兩歲時，“西博爾德事件”發生（詳情見百度百科詞條 菲利普·弗朗茲·馮·西博爾德），西博爾德被幕府指認為外國間諜，判處驅逐出境，終生不得踏上日本國土。稻的生母楠本瀧在此後被迫改嫁，年幼的稻遭受家庭變故，加之作為當時日本罕見的混血兒，屬於日本人眼中不和不樣的另類，飽受歧視，童年歲月對於稻而言，過的是異常辛酸。
1830年（日本文政十三年），西博爾德的學生，伊予宇和島藩藩士二宮敬作收養了時年四歲的楠本稻。1833年（日本天保元年），二宮敬作帶著年僅六歲的稻回到了自己的家鄉宇和島藩，將其當做自己的女兒撫養起來，不僅給了她一個溫暖的家，還傳授了她不少醫學知識。
弘化二年（1845年），因為考慮到稻是女兒身，二宮敬作將其送到了同為西博爾德門生的石井宗謙處，學習婦產科知識。
楠本稻跟隨石井宗謙學習了七年，七年間，稻和石井由相知到相愛，1852年（日本嘉永五年），楠本稻生下一女。
石井宗謙作為西博爾德的學生，和老師的女兒發生了戀情，並導致其懷孕，在當時社會風氣保守的日本，是一種不道德的行為，因此西博爾德在日本的眾弟子聽聞此事後，紛紛來信譴責石井宗謙，並表示和其絕交，承受著巨大社會壓力的石井宗謙向稻提出了分手。
從小缺少父愛，稍大一點兒又離開母親，整個童年都是在被世人視作怪物般的白眼中度過，和所愛的人相戀，卻不被社會所容忍，只能眼睜睜的看著幸福生活再次破碎，離自己漸行漸遠，對於不幸至極稻而言，這是繼父母離散後又一次重大打擊。
1853年（日本嘉永六年），失魂落魄的楠本稻孤身一人帶著女兒，回到了出生地長崎。
矢志從醫
就在楠本稻失去經濟來源，為生活所迫，困頓不已時，宇和島藩藩士村田藏六（大村益次郎）在長崎找到了稻，將她帶回宇和島，在宇和島藩，稻再次見到了已經是藩主伊達宗城側近的重臣的二宮敬作。二宮敬作對稻在石井宗謙處的遭遇感到十分內疚和自責，決定親自教授楠本稻各種西洋藝術，而村田藏六則成為了稻的荷蘭語老師。
1856年（日本安政三年）四月，村田藏六去了江戶，荷蘭語課就此中斷。1858年（日本安政五年），二宮敬作打算前往長崎開診所，因此，稻跟隨他離開宇和島，重返長崎。
在長崎，經過刻苦學習和努力鑽研，不過三十出頭的楠本稻就成為了遠近皆知的名醫，尤其在婦產方面，更是堪稱華佗再世，妙手回春。
1869年（日本明治二年）十月，楠本稻受明治政府委派，前往大阪，為因實施陸軍軍制改革而遭到暗殺襲擊致重傷的的兵部大輔大村益次郎診療。大村益次郎左腿已經被截肢，並引發了敗血症，生命垂危，雖經過楠本稻盡力搶救，但最終傷重逝世。
1871年（日本明治四年），楠本稻受聘於日本皇室，出任宮內省御用掛，負責宮內大小人等的健康。在宮中，楠本稻先是為女官葉室光子引產，接著又親自給皇后治療風寒，因醫術高超深得明治天皇嘉獎，
此後，楠本稻名聲漸長，又因身為女性，而被眾多有難言之隱的女性患者視作唯一的依靠。
父女重逢
1853年（日本嘉永七年），美國海軍提督佩里率艦隊來航，史稱“黑船叩關”。日本封閉的國門被打開，國內外局勢發生著翻天覆地的劇變。無論外面的世界如何，楠本稻永遠一副置身度外的樣子，她所牽掛的，只有醫學和女兒，另外，還有一個人在遙遠的地方默默地充當著她的精神支柱，那便是稻的親生父親西博爾德。
西博爾德當年雖然被逐出了日本，但是依然牽掛著遠在日本的女兒，父女間保持著長期的通信往來，從最初的日語通信，到後來，稻用荷蘭語寫信給父親，從一封封來信中，西博爾德體會到了女兒的成長，倍感欣慰，而楠本稻也用書信對遠在異國的生父寄予無限眷戀。
西博爾德作為當時世界上少有的日本通，成為了西方各國探取日本情報的重要顧問，美國佩里艦隊前往日本之前，就通過西博爾德了解到了許多關於日本的重要信息。而後，俄國沙皇尼古拉一世還聘請他負責俄國對日本的外交事務。
西博爾德活躍在西方各國對日外交的台前幕後，令幕府深為震恐，撤消了此前對他的一切處罰，包括永世不得踏足日本的禁令。
1859年（日本安政五年），西博爾德被聘為荷蘭對日貿易顧問，在被驅逐出境整整三十年後，再度登入日本，第一件事就是去長崎見闊別已久的女兒楠本稻。
此次重逢後，西博爾德決定將畢生所學都傳給女兒，可是，他的第二次日本之旅只持續了三年便告終結，西博爾德第二次離開日本後，就再也沒有回來過，直到1866年（日本慶應二年）在慕尼黑逝世。
名垂史冊
1889年（日本明治二十二年），62歲的楠本稻正式宣布退休。日本歷史上第一位女醫生的執業生涯就此畫上了句號。
楠本稻一生以治病救人為己業，終生未婚，與女兒楠本高子相依為命，1903年（日本明治三十六年），以77歲高齡辭世。
