期刊歷史
2000年改名《植物遺傳資源科學》，共出版3年12期，發表論文近120萬字。2002年11月8日國家科學技術部批准《植物遺傳資源學報》創刊，主辦單位變更為中國農業科學院和中國農學會。2003年辦理了期刊出版許可證和ISSN國際統一刊號，重新設計封面，並改開本為大16開，頁碼增加到96頁。2006年主辦單位變更為中國農業科學院作物科學研究所和中國農學會，頁碼增加到128頁。2007年對封面作了重新設計，內頁全部為銅版紙印刷。 2002年第一屆編委會成立，編委會組成後，由正副主任輪流擔任各期的責任主編，在刊物質量方面嚴格把關。2006年第2屆編委會成立，並於11月17日召開了第一次會議，編委會主任萬建民、顧問董玉琛和主編劉旭在會上講話，對學報的發展寄予厚望。
經過編輯部全體工作人員的共同努力，《植物遺傳資源學報》在稿件數量和質量方面都有較大提高，2003年被科技部西南信息中心“中文科技期刊資料庫”收錄，被中國科學技術信息研究所和北京萬方數據股份有限公司“萬方數據-數位化期刊群”全文收錄，被“中國核心期刊(遴選)資料庫”收錄；入選“中國學術期刊綜合評價資料庫”統計源期刊。
2004年公開發行，同年榮獲全國優秀農業期刊學術類二等獎，影響因子0.323。
2005年度影響因子0.872，被《中國生物學文摘》和中國生物學文獻資料庫收錄。
2006年榮獲全國農業期刊金犁獎學術類二等獎；影響因子0.873；被中國學術期刊文摘（中文版）收錄。
2007年影響因子0.941。
2007年2月被中國科學院文獻情報中心、中國科學引文資料庫收錄為中國科學引文資料庫(CSCD)核心期刊；6月被中國科學技術信息研究所收錄為中國科技核心期刊（中國科技論文統計源期刊）。
2008年進入全國中文核心期刊。
2009年進入中國科技核心期刊和全國中文核心期刊，影響因子已達到1.015。
獲獎情況
第五屆全國農業期刊金犁獎學術類二等獎
第四屆全國優秀農業期刊學術類貳等獎
收錄情況
全國中文核心期刊
中國科技核心期刊
全國優秀農業期刊
中國科學引文資料庫(CSCD)核心期刊
中國核心期刊(遴選)資料庫期刊
中國科技期刊資料庫
中國生物學文摘
中國學術期刊綜合評價資料庫統計源期刊
編委會
《植物遺傳資源學報》編委會
顧 問：盧永根 李振聲 洪德元 蓋鈞鎰 傅廷棟 董玉琛 戴景瑞
主 任：萬建民
副主任：劉 旭 王述民 盧寶榮 孫日飛 孫其信 張天真 張愛民
編 委：萬建民 馬峙英 王力榮 王天宇 王漢中 王坤波 王述民 王曉鳴
王道文 鄧秀新 盧寶榮 伍曉明 劉 旭 劉根泉 劉耀光 孫日飛
孫其信 江用文 余懋群 張天真 張學勇 張愛民 李立會 李先恩
李洪傑 李錫香 杜雄明 辛志勇 邱麗娟 陳成斌 陳學森 宗緒曉
羅利軍 柯衛東 鍾廣炎 晏月明 袁漢民 賈繼增 顧萬春 黃璐琦
曹永生 喻樹迅 揭雨成 程式華 韓龍植 韓建國 靳曉白 黎志康
戴陸園
主 編：劉 旭
副主編：常汝鎮 鄭殿升 王象坤
編輯部主任：劉根泉
責任編輯： 陳麗娟 趙曉彥 王秀利 英文審校：趙曉彥
報導內容
本刊報導內容:大田作物、同藝作物、觀賞植物、藥用植物、林木、牧草及其他一切經濟植物的有關遺傳資源基礎理論研究、套用研究方面的研究報告、學術論文和高水平綜述或評論。
論文範例
1、棉花資源收集、保存、評價與利用現狀及未來
2、玉米種質資源對六種重要病蟲害的抗性鑑定與評價
3、繁殖群體量及隔離對蠶豆種質遺傳完整性的影響
4、基於地高辛標記對小麥進行Southern雜交分析主要影響因素的最佳化和驗證
5、小麥品種資源耐鹽性鑑定
6、76份特用甘薯種質資源的鑑定評價
7、冀魯豫花生育成品種的遺傳多樣性分析
8、茶梅品種資源的收集保存、鑑定評價及種質創新
9、不同溫度條件下高粱溫敏雄性不育系冀130A育性變化規律及花粉敗育研究
10、雲南紅花種質資源主要農藝性狀的遺傳多樣性分析
11、肉質色不同蘿蔔遺傳多樣性的SSR分子標記分析
12、河北省冬小麥豐產抗旱性表型鑑定指標分析
13、不同生態區罌粟種質的遺傳多樣性ISSR分析
14、基於染色體片段導入系發掘抗玉米絲黑穗病主效QTL
15、鹽芥谷胱甘肽過氧化物酶基因(ThGPX6)的克隆及表達分析
投稿須知
1、文稿應資料可靠、數據準確、規範，文責自負。來稿在3000字元以上，每版字元數在2000字以內，2版面4000內(含空格不包含圖表)。來文隨附作者單位、郵編、電話、電郵等個人信息。
2、姓名在文題下按序排列，排列應在投稿時確定，同時註明作者單位名稱及郵政編碼。來稿嚴格按學術論文格式要求，附有摘要、關鍵字、注釋、參考文獻等。
3、論文涉及的課題如取得國家或部、省級以上專項基金或攻關項目，用黑體字加圓括弧標註，置於正文後、注釋或參考文獻前。
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5、來稿不退。嚴禁抄襲，文責自負。請勿一稿多投！來稿無論錄用與否都將在3日內給予回復，作者來稿前後可與編輯部聯繫，以便查收。
6、本刊所發論文將為中國學術期刊網全文資料庫(CNKI 中國知網)、萬方數據數位化期刊群、中國學術期刊(光碟版)全文收錄期刊。
