基地由三部分組成：北院、南院和轆轤把水坑。占地18000平方米，總建築面積736平方米。北院、南院相對，以水泥路相隔。坐北朝南的慘案紀念館位於北院的正中央，面積576平方米，為一正方形建築。館中間高出6米的半球形體，寓意“神州陸沉”。展覽館前門正上方鑲刻著呂正操同志題寫的“梅花慘案紀念館”館名。北院大門為兩個大寫的“九”字，示意慘案發生的農曆時間九月初九。
南院東西長65米，南北寬25米，西為血井，東為“三十六口墳”。
展廳分為中央浮雕和四部分的環繞展覽。參觀線路流暢，易進、易看、易出。
進入大廳，首先映入眼帘的是一個高2.35米的婦女，懷抱被日軍殺害的孩子，滿臉怒氣，滿腔仇恨控訴日本侵略者滔天罪行的銅雕，身後為長7.02米，高2.65米的兩組巨石浮雕：一組為被殘害的婦女兒童群；一組為遭殺害，並與日寇搏鬥的青壯年群。浮雕背面為慘案中遇難同胞名單，下方棺材中裝殮著死難同胞的根根白骨，是日軍侵華暴行的鐵證。
第一部分：沃野明珠。以實物和沙盤再現慘案前梅花古鎮的繁榮盛況。
第二部分：鐵獅怒吼。抗日名將呂正操，不遵蔣介石不抵抗之命，不懼日軍之強大野蠻，回響共產黨的號召，奮起抗日，率部兩個營，一夜激戰，在梅花消滅日軍板垣征四郎精銳部隊800餘人，不但打破了“皇軍不可戰勝”的神話，而且鼓舞了中國人民的抗戰熱情。
第三部分：九九血證，是主覽部分，占展廳面積的二分之一多。以大量的物證、倖存者證言證詞等事實揭露日本侵略軍用殘暴的手段，殘殺我無辜同胞，搶劫我財物，燒毀我房屋，展現其滅我中國人民，亡我中華民族，建立大日本帝國的罪惡行徑。
第四部分：歷史昭示。為綜合部分，有日本投降、審判日本戰犯、日本右派勢力否定歷史的反動言論、日中建交、日本友好人士訪問梅花；梅花新貌；呂正操重返梅花；愛國主義教育等內容。
臨出展廳，為連續播放的大螢幕，介紹慘案的有關資料，物證、人證等記錄片。
展廳北部60平方米的副展室，擬搞藁城人民抗戰史展覽。藁城人民為抗日戰爭的勝利做出了巨大貢獻，湧現出了像郝夢齡、何基灃、馬玉堂等聞名全國的抗日名將，曾被中共冀南區委命名為冀南第二個抗日模範縣。
北院有分別為600平方米的停車場和廣場，4米寬的環展館甬路。展館的北、西、東三面為綠化區，不但植了草皮，而且栽有塔松、雪松、木槿、龍柏、黃楊球、月季、冬青等。修復了鹼水坑遺址。並準備在綠化區內樹抗日戰爭期間在冀南、冀中工作戰鬥過的老領導、老將軍題詞的石碑。
梅花慘案發生在1937年10月12日。
地處藁城、趙縣、欒城三縣交界的梅花鎮，是藁城南部聞名遐邇的商賈重鎮。“七七事變”前，鎮內有550多戶人家，2500多口人。鎮周寨牆高築，四門洞開，鎮內街道寬闊，房屋整齊，有較大的銀號、棉店、糧店、藥店、染坊、飯店、澡塘等80多處，經常駐有津、保、石、魯、豫等省和大中城市的豪商巨賈的代理人，是冀中、冀南、冀西交界地帶重要的糧棉集散地。
“七七事變”後，日軍長驅直入，瘋狂南侵，華北大地很快淪陷。1937年10月11日下午，掩護大部隊南撤的原國民黨部隊第53軍第691團，在團長呂正操(已是共產黨員)率領下，撤至藁城梅花鎮和趙縣四德村後，回響共產黨全民團結抗日的號召，舉起反蔣抗日的旗幟，決定在梅花、四德一帶阻擊日寇。
進駐梅花鎮的一營，在副營長趙東寰的帶領下，不顧長途跋涉的疲勞，進鎮後就勘察地形，分頭做戰鬥準備。用煤塊和麻袋等物將南、北、西3個寨門緊緊堵死，留下東門便於與團部聯繫。寨牆上挖了掩體，布置了火力；一連防守鎮東南和北面；二連防守西面和南面；重機槍連和迫擊炮配備到了各排。根據敵南侵方向，重點火力配置在了西門和北門。
