桂林市疾病預防控制中心是根據國家衛生部疾病預防控制體制改革的精神，在原桂林市衛生防疫站基礎上，於2002年7月正式成立。第一工作區位於桂林市四會路7號，第二工作區位於桂林市中華路18號，分別座落於風景秀麗的桂湖湖畔和獨秀峰腳下，擁有建築面積為4500M2的檢驗綜合大樓、2830M2的業務綜合樓（國債建設項目）和821M2的第二工作區。現有人員137人，其中衛生技術人員108人，碩士2人，研究生1人，獲得高級專業技術資格12人、中級專業技術資格63人。
體制改革後，中心搶抓機遇，嚴格按照ISO/IEC17025：2005開展新一輪的質量體系管理。中心實驗室業務用房1920 M2，建有標準無菌室10間，配有原子吸收分光儀、氣相色譜儀、氣質聯用儀、液相色譜儀、電子天平、測汞儀、精密電導儀、1/10萬分析天平、自動細菌鑑定儀、PCR儀、全自動生化分析儀、酶標儀、全自動洗板機、2萬倍螢光顯微鏡、全自動血球計數儀、-80℃低溫冰櫃、超高倍顯微診斷系統、低溫高速離心機、生物安全櫃、全自動高壓鍋、純水儀等先進設備，軟、硬體的同步提高，使中心檢驗檢測朝著科學、公正、嚴謹、規範的方向不斷發展。
在自治區疾控中心和市衛生局的直接領導下，中心依法負責和承擔了全市與疾病預防控制相關的監測、檢測、評價、流行病學調查、應急處理、宣傳、培訓、技術指導等工作。包括傳染性疾病、慢性非傳染病的預防控制；疾病預防控制信息的收集、統計、分析、報告；學生常見病防制；勞動衛生和職業病防制；衛生消毒及病媒生物防制；從業人員健康體檢；食品、餐具、飲用水、化妝品、涉水產品、一次性醫療及衛生用品、居室衛生學檢測評價及衛生毒理學檢驗等。對外開設了預防醫學門診，診療項目包括國家規定的一、二類疫苗的分發、供應和接種；寄生蟲病檢測治療和愛滋病免費諮詢檢測等。是集疾病預防控制、檢驗檢測、健康教育、預防醫學科研培訓為一體的綜合性防疫專業機構。
體制改革使中心凝聚和提升了重大疾病預防控制的能力，中心目前開展了國家項目的傷寒副傷寒、狂犬病和病媒生物監測和自治區級愛滋病綜合防治示範區工作，實施世行貸款衛九（愛滋病防治）、衛十（結核病防治）項目，鞏固以鄉鎮為單位兒童免疫接種率達85%目標成果，連續13年無野毒株脊髓灰質炎病例，計免相應疾病控制在國家規定範圍內，有效防禦和成功控制了非典、人禽流感等新發傳染病，為全市人民健康作出應有貢獻。2003年被國家衛生部授予“全國衛生系統先進集體”榮譽稱號，同年被廣西區黨委、區人民政府授予“全區非典型肺炎防治工作先進集體”榮譽稱號，2004被市衛生局評為“計畫免疫工作先進集體”，2005年被市衛生局評為“結核病防治先進集體一等獎”。
