後世評價
後世往往有人指責他不應當支持愛爾蘭叛亂分子抵制英格蘭女王伊莉莎白一世的反天主教行動。1572年8月24日巴黎發生聖巴托羅繆之夜慘案，大批胡格諾派教徒被害。事後格列高利在羅馬大唱《讚美頌》以示慶祝，此舉也受到譴責。
格列高利十三世之牧徽1582年，他在那不勒斯天文學家兼物理學家吉拉迪和日耳曼數學家耶穌會士克拉維的協助下，改正公元前46年所頒行的儒略曆的錯誤而頒行格雷果里歷，即現代社會所通用的公曆。天主教澳門教區在1576年由其下令成立。
與日本使節
1585年3月23日，來自日本的4位少年使者拜訪了教皇格列高利十三世。早在1582年，日本九州的天主教大名大友義鎮、大村純忠、有馬晴信決定派遣4名少年出使羅馬教廷。一行數人乘坐葡萄牙船從長崎出發，經中國的澳門、印度的考沁港、非洲的好望角，抵達葡萄牙的里斯本，然後進入西班牙、義大利，1585年3月到達目的地羅馬，並拜見了教皇格列高利十三世，敬呈了三位大名的書信和禮物。在羅馬短暫逗留期間，恰逢教皇逝世，這樣，他們又參加了希斯特五世的就任加冕議式。當得到新教皇同意每年斥資援助日本興辦神學院的答覆後，少年使節團開始回國。1590年7月終於返回長崎，結束了長達8年的出使，並帶回了活字印刷機等大量西方物品。用此印刷機，教會先後在長崎、天草等地開設了印刷所，印製了不少羅馬文和日文書籍。
改革曆法
教皇格列高利十三世正式頒行格里曆，以取代儒略曆
現行公曆即格里曆(英文：Gregorian calendar)，亦有譯為額我略曆、格列高利歷，是由義大利醫生兼哲學家裡利烏斯(Aloysius Lilius)改革儒略曆制定的曆法，由教皇格列高利十三世在1582年頒行。格里曆是陽曆的一種，於1912年開始在中國正式採用，取代傳統使用的中國曆法夏曆(農曆)，而中國傳統曆法是一種陰陽曆，因而格里曆在中文中又稱陽曆、西曆、新曆。格里曆與儒略曆一樣，格里曆也是每四年在2月底置一閏日，但格里曆特別規定，除非能被400整除，所有的世紀年(能被100整除)都不設閏日；如此，每四百年，格里曆僅有97個閏年，比儒略曆減少3個閏年。格里曆的歷年平均長度為365.2425日，接近平均回歸年的365.24219日，即約每3300年誤差一日，也更接近春分點回歸年的365.24237日，即約每8000年誤差一日；而儒略曆的歷年為365.25日，約每128年就誤差一日。到1582年時，儒略曆的春分日(3月21日)與地球公轉到春分點的實際時間已相差10天。因此，格里曆開始實行時，同時規定，原先儒略曆1582年10月4日星期四的次日，為格里曆1582年10月15日星期五，即有10天被刪除，但原有星期的周期保持不變。格里曆的紀年沿用儒略曆，自傳統的耶穌誕生年開始，稱為“公元”，亦稱“西元”。
