初期的株仲間是領主為控制外國貿易品、管理質量、統制價格而設立,稱御免株。後來,農村商品生產發展,越來越衝破以前的流通機構。已有的問屋商人等為了保護既得權益,更需以來幕府、各藩的勢力,而領主也對問屋上人給以特權,進行新的商業統制。因此,十八世紀之後,申請專賣特權已很普遍,由魏晉承認的同業者提出申請而獲得專賣特權。
田沼時代,幕府和各藩向株仲間徵收營業稅,這成為重要的財政來源,遂批准成立許多株仲間。
但到江戶後期,株仲間的壟斷成為物價暴漲的一個原因。天保改革時,幕府下令解散株仲間,結果使經濟更加混亂,1851年(嘉永4年)吸收新的商人階層重新恢復株仲間。
開港後由於出現新的市場關係,株仲間的基礎完全崩潰,1872年(明治5年)解散。