東林黨蒙冤
經過黨人被重新起用，當時的首輔劉一景、葉向高，吏部尚書趙南星，禮部尚書孫慎行，兵部尚書熊廷弼，都是東林黨人或東林黨的支持者，可以說，明朝的軍事、政治、文化、監察和人事大權全都被東林黨掌握，他們從在野的清流成為主持朝政的主要力量，《明史》記述此時：“東林勢盛，眾正盈朝。”連魏忠賢對趙南星也有幾分敬畏，安排自己的侄子去拜見他。但趙南星拒絕與魏忠賢接近，對與魏忠賢關係密切的官員嚴加糾劾，東林黨與閹黨的矛盾又尖銳起來。
楊漣像後來，魏忠賢竊據了司禮秉筆太監兼掌東廠事等職，且與熹宗乳母客氏狼狽為奸，組成“閹黨”集團。開始對東林黨人實行血腥鎮壓，向全國頒示《東林黨人榜》，公開逮捕迫害大批東林黨人士。閹黨干將魏廣微為了迎合魏忠賢，將朝野中的東林人士翦除乾淨，竟憑個人好惡，將朝中官員逐一排隊，分為兩派，編造《縉紳便覽》，上列具體官員名單，用筆在名單上圈點。心腹者加圈，極為重要的東林官員，就在名字旁點三點，次者二點，又次者一點。其中被重點者有趙南星、高攀龍、楊漣、左光斗等100餘人。然後將編好的名冊秘密呈獻魏忠賢。
天啟四年(1624年)，南北兩京合朝官員70餘人也紛紛上疏，討伐魏忠賢，要求剷除閹黨，東林黨與閹黨之間的鬥爭迅速白熱化。結果，東林黨人楊漣因彈劾魏忠賢“專權亂政，欺君藐法”等二十四大罪被捕，與左光斗等人同被殺害。次年，魏忠賢又對東林黨採取了殘酷的鎮壓行動，大肆搜捕東林黨人，許多著名的東林黨人冤死獄中。天啟六年(1626年)，魏忠賢又殺害了高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應升7人，魏忠賢又命人編《三朝要典》，借紅丸、梃擊、移宮三案，打擊東林黨。魏忠賢還指使黨羽新都御史王紹徽編纂《東林點將錄》，《東林點將錄》仿照民間流傳的水滸故事中“三十六天罡”和“七十二地煞”，列東林黨名單，企圖將其一網打盡。同時，由政爭遷怒於講學，又矯旨拆毀全國各地書院，禁止講學活動。曾經掌握朝政的東林黨，僅三年時間內，被殘酷殺害的有數十人，下獄遣戍者達數百人，其他被革職、蒙冤、株連、打擊者有幾千人以上，東林黨人幾乎被魏忠賢驅盡殺絕，全部覆沒。
崇禎帝朱由檢即位後，懲處了魏忠賢為首的閹黨集團，欽定閹黨逆案，總計處理的閹黨達460餘人。昭雪平反東林黨人冤案，對被害慘死的給予特別禮遇，顧憲成、高攀龍、楊漣、周順昌、
