2001年,昌邑市進行行政區劃調整:李家埠鎮劃歸奎聚街道,青鄉鎮劃歸柳疃鎮,南逄鄉劃歸都昌街道,下營鎮和東冢鄉劃歸夏店鄉,倉街鎮劃歸圍子鎮,流河鄉劃歸石埠鎮,塔耳堡鎮劃歸丈嶺鎮。
2006年,昌邑市轄2個街道、11個鎮、2個鄉:奎聚街道、都昌街道、柳疃鎮、龍池鎮、夏店鎮、卜莊鎮、圍子鎮、宋莊鎮、石埠鎮、飲馬鎮、北孟鎮、岞山鎮、丈嶺鎮、雙台鄉、太保莊鄉。
2007年,昌邑市將2個街道、11個鎮、2個鄉調整為2個街道、6個鎮、1個鄉:撤銷雙台鄉,併入都昌街道;撤銷夏店鎮,併入卜莊鎮;撤銷宋莊鎮,併入圍子鎮;撤銷石埠鎮、岞山鎮,併入飲馬鎮;撤銷丈嶺鎮,將原丈嶺鎮的40個村與太保莊鄉合併設立太保莊鎮。
2007年,將太保莊鎮、岞山鎮、丈嶺鎮劃歸濰坊市峽山生態經濟開發區。昌邑市面積由1578.7平方公里下降至1470平方公里。
2008年,將部分村莊的歸屬鄉鎮做了調整。比如原屬於北孟的小營村劃分給飲馬鎮。
2009年恢復下營鎮,成立石埠經濟發展區。
2010年,昌邑市撤銷圍子鎮設立圍子街道辦事處。