光緒三十三年(1907)，杜鍾駿任浙江節署戎政文案之職。同年，光緒帝病重，徵召海內名醫。受浙江巡撫馮星岩的舉薦，杜鍾駿來京為光緒帝診病。杜鍾駿撰著的《德宗請脈記》一書，記載了他為光緒帝診病的經過。
據《德宗請脈記》記述，杜鍾駿與同被征來的幾位名醫，在內務府大臣帶領下，至仁壽殿為光緒帝診病。由於是初次為皇上診脈，加之快步疾行叩頭行禮，杜鍾駿不免氣促欲喘，有片刻屏息不語。皇上就著急地發問道：“你瞧我脈怎樣？”杜鍾駿便將脈象所見、病證分析、治法方藥的思路一一說明。光緒帝聽後，表示贊同，說：“汝言極是，既照此開方，不必更動。”杜鍾駿由儒而醫，對《內經》和中醫理論有精深造詣，對理法方藥有深刻的理解和恰當的運用，這從他對光緒帝複雜病情的分析、處理，可見一斑。
杜鍾駿入京一年多，至光緒帝駕崩，才返回家鄉。清朝滅亡後，杜鍾駿又被袁世凱招至京師，擔任督淮，歷時一年多。後來，杜鍾駿行醫於京城，因醫術精湛而求醫者眾多，有起死回生的醫名。
杜鍾駿著有《杜氏醫書五種》(又名《藥園醫書五種》)，五種醫書為《藥園醫案》、《抉癮芻言》、《白喉問答》、《德宗請脈記》及《管窺一得》。杜氏對一些病的治法有所發明，例如對白喉病的病因、治法，有獨到之處。杜鍾駿對當時已傳入中國的西醫理論也有了解，並對中西醫學有初步的對比研究。在他所著的《管窺一得》中，對中西醫學、中西藥性、檢疫、微生蟲(即微生物及寄生蟲)、細菌等有關問題都有所論述。
