1945年“九·三”抗日戰爭勝利後，杜若牧被派回東北，從1945年11月到1949年新中國成立，他先後任瀋陽、本溪和安東市聯合中學校長。1949年12月，任遼東省人民政府教育廳副廳長。他在解放戰爭年代，努力貫徹黨的教育方針，團結廣大知識分子，為培養革命戰爭急需的人才，做出優異的成績。
50年代初，我國進入國民經濟恢復時期，亟需培養各種專門人才，杜若牧奉調到高等教育戰線工作。他先後任東北工學院鞍山分院副院長、東北工業幹部學校校長、北京鋼鐵工業學院副院長、中共黨總支書記、國家冶金部教育司副司長。1957年10月，調任中共哈爾濱師範學院黨委第一書記兼副院長。1963年2月，兼任哈爾濱師範學院院長。
杜若牧到哈爾濱師範學院工作時，正值哈師院創建發展的時期，他主持組建中共哈爾濱師範學院黨委，健全學校的領導核心。黨委成立後，立即召開學生和教師代表大會，發出“告全院同學書”和“告全院教職工書”，號召廣大師生員工在黨委領導下，群策群力，加強團結，興家立業，辦好師院。他堅持貫徹德、智、體全面發展的教育方針，堅持培養又紅又專人才的方向。在辦好原有本、專科各專業的同時，創建一批新專業，創辦函授教育科研究生班，要求教師管教、管導、教書育人。他重視高等教育領域中的各項改革，不斷總結教學經驗，認真貫徹國家頒發的《高教六十條》等有關方針政策，狠抓教學質量的提高。他總結1958年以來“教育大革命”的經驗教訓時說，“學校教育有時前進，有時後退，甚至有時脫軌”的主要原因是“左”的干擾。遵照毛澤東“學校一切工作都是為了轉變學生思想”的教導，大力加強學校思想政治工作，選拔、培養一批專職政工幹部，安排一批青年教師兼任學生輔導員；他堅持教育與生產勞動相結合，創辦哈師院“三勤農場”，成為師生勞動鍛鍊的基地；他重視學生民兵訓練和體育活動，親自帶領師生參加社會實踐。杜若牧有能力，有魄力，有旺盛的革命熱情和勇於開拓奮進的精神。他全面主持哈爾濱師範學院工作僅幾年，就使哈師院躋身於黑龍江高等學校的先進行列。他於1960年出席了全國文教群英會，1964年當
選為第三屆全國人民代表大會代表。
杜若牧艱苦樸素，聯繫民眾，經常到課堂聽教師講課，到食堂、宿舍了解學生、教工的生活情況，常到老教師家走訪、談心，交知心朋友。由於他關心教職工學生，在師生中有很高的威望，學生都覺得他是一位可敬的師長，教職工則覺得他既是領導者，也是大家的知心朋友。
“文化大革命”開始不久，杜若牧便被停職反省，強加給他許多莫須有的罪名，使他在精神上、肉體上都受到了嚴重的摧殘，1966年8月31日，含恨而死。時年53歲。黑龍江省委於1978年9月，為杜若牧徹底平反、昭雪，恢復名譽。
杜若牧參加革命30餘年，長期從事教育工作。他對新中國教育事業，特別是對哈爾濱師範學院的發展建設，做出積極的重要的貢獻。他兢兢業業、深入實際的工作作風，清正廉潔、剛直不阿的優良品德，深受師生的崇敬、懷念。
