唐憲宗元和二年（公元807年）九月，鎮海（治所在潤州，今江蘇鎮江市）節度使李琦命手下判官王澹為留後，然後上表請求入朝。憲宗立即批准，同時派遣宦官前往鎮海宣慰三軍，實際上是督促他進京。
可李琦本來就不想入朝，所以馬上就反悔了，遲遲不肯動身。王澹和宦官再三勸告，李琦乾脆上疏說自己患病，請求年底再入朝。憲宗徵求宰相們的意見，時任宰相的武元衡說：“陛下剛即位，李琦說入朝就讓他入朝，說不入朝就不用入朝，決定權都在他手上，陛下將如何號令天下？”
憲宗覺得武元衡的想法正與自己不謀而合，遂下詔徵召李琦入朝。
李琦遂叛亂。
九月末的一天，李琦的帳下親兵突然譁變，大聲叫囂說：“王澹是什麼東西，膽敢擅自主管軍務！”隨即把已經接管軍府事務的留後王澹殺了，並剁成肉塊吃掉。大將趙琦出面阻攔，也被亂兵殺掉吃了。亂兵隨後把刀架在欽差宦官的脖子上，一邊叫罵一邊作勢要殺。就在這節骨眼上，李琦帶著一副驚詫的表情及時出現，制止了亂兵，救了宦官一命。
宦官當然知道，這一切都是李琦導演的，而且就是演給他看的。
十月初五，憲宗李純向李琦進一步施壓，命他入朝擔任左僕射，同時命御史大夫李元素接任鎮海節度使。李琦第二天就作出了反應，上疏說：“軍隊叛變，殺死了留後和一員大將。”其潛台詞是：此刻的鎮海形勢混亂，除了我李琦，還有誰能鎮得住？！
憲宗不吃他這一套，於十月十一日下詔剝奪了他的所有官爵，命淮南（治所在今江蘇揚州市）、鄂岳（治所在鄂州，今湖北武漢市）、宣歙（治所在今安徽宣州市）、江西（治所在洪州，今江西南昌市）、浙東（治所在越州，今浙江紹興市）等五道兵馬會攻李琦。
跟征討楊惠琳一樣，戰鬥還沒有打響，李琦的後院就起火了。他的外甥裴行立聯合鎮海兵馬使張子良等三位心腹大將共同背叛了李琦。十月十九日，李琦被生擒的訊息傳到了長安。十一月一日，李琦父子被押解到長安，一同腰斬。
