人物簡介
曾任國家“十五”高技術發展計畫(863計畫)生物和農業技術領域生物信息技術主題專家組組長,國家中長期發展規劃第十五專題組副組長,上海市2002年科學預見專家,中國科學院生命科學領域戰略發展專家組專家,國家科技部中英E-Science國際合作計畫中方協調人。
2003年度上海市勞動模範,2003年度上海市優秀學科帶頭人。現為國家自然科學基金委員會生命科學部自然科學基金專職評審專家,德國Journal of Integrative Bioinformatics雜誌,美國Medical Science Monitor雜誌特邀審稿人,國內《科學通報》特邀編輯,生物物理和生物化學學報、中國生物工程雜誌以及Genomics,Proteomics and Bioinformatics 等雜誌編委。
學習和工作經歷
1978-1982年在新疆大學物理系獲學士學位;
1984-1987年在新疆大學物理系獲理論物理碩士學位(就讀於西北大學物理系、西安交通大學信息控制系生物醫學儀器研究所)。
1992-1996年在德國海德堡大學理論物理研究所獲理論物理博士學位。
1996年11月至1997年3月在德國斯圖加特大學第三計算機套用研究所從事計算數學博士後研究。
1997年4月至2000年6月在歐洲分子生物學實驗室(EMBL)從事生物物理博士後研究。
2000年7月回國到中科院上海生命科學研究院生物信息中心工作,2002年7月起任上海生物信息技術研究中心主任,中科院上海生命科學研究院生物信息中心主任。2006年起任中科院系統生物學重點實驗室副主任。
主要研究方向
蛋白質組學研究
主要研究蛋白質相互作用網路及其進化的規律。此項研究對於人們了解蛋白質的功能,協同作用以及對於疾病發生髮展的機理的深入了解帶來幫助。
系統生物學研究
主要研究複雜生物系統的數學建模及其動力學性質的研究。此項研究將有助於人們在實驗現象之上發現生命活動的控制規律,提出假設,對生命活動的規律作出合理的預測,提交實驗驗證,或者指導實驗,引領生命科學從定性科學向定量的理論科學轉化。
主要學術成就
從1997年以來一直使用神經網路、統計物理等方法從事與DNA序列相關的軟體開發研究,特別發展了時間序列的統計相關算法。獨自研發的大規模、高通量、自動化的DNA序列測序分析專家系統被EMBL命名為LI-Tracker,分別運用於德、法、挪威等國的研究所和LION Bioscience等生物技術公司。在基因水平上研究總結出SARS病毒傳播和變異規律,發現18條免疫多肽序列並用於SARS病毒檢測和治療研究,為研製抗SARS 病毒的藥物和疫苗做出了重要貢獻。領銜承擔了列為科教興市重大產業化項目的“一網兩庫”工程,經過兩年多的建設,該系統已經擁有各類科技資源信息量6TB,訪問量達到190萬餘人,累計對外服務22.2萬人次,並廣泛輻射到長三角地區,有效推動了本市及長三角地區科技創新和知識服務業的發展。
2000年回國後,先後主持和承擔了國家“九五”863計畫生物技術領域《生物信息學資料庫開發和建設》重大項目。作為首席科學家主持了中科院《生物信息學重大基礎理論與套用》重大研究項目;國家973《重大疾病相關蛋白質組學生物信息學》課題;中科院上海生科院《生物信息技術平台建設》項目等。近5年共發表論文近60餘篇,包括Science, Nature Genetics,Nature Biotechnology, Oncogene, PNAS, Bioinformatics等,論文總影響因子200點以上,被引用400多次。共申請發明專利8項,獲得軟體著作權15項。