歷史沿革
自一世本因坊算砂開始，在本因坊世家（相當於日本最大的圍棋門派）內開始棋藝的教授和相傳，掌門人就稱為“本因坊”，採取家元制度，世代相襲。其繼承人稱為“跡目”，日本棋史書籍（比如《坐隱談叢》）中有時也用“嗣子”或“養子”等更通俗的說法。
一世本因坊時，織田信長曾賜封日海為日本圍棋史上首位名人，日本在執政者認同下建立起正規的棋士體系，這也使圍棋在日本真正得到了發展。而日海所開創的本因坊家族，從那時起作為日本圍棋界的核心，一直持續到1934年二十一世本因坊秀哉將“本因坊”頭銜贈予日本棋院為止。此後本因坊頭銜通過本因坊戰產生，本因坊戰也是日本圍棋七大賽事之一。
江戶時代的其他圍棋三大家為：井上、安井、林。但從圍棋實力等方面來講，這三家遠遠不及同時代的本因坊世家。
本因坊原是法華宗（日蓮宗）妙滿寺二十六世貫主日淵上人的坊名。日淵是京都寂光寺的開山祖師，曾自號“本因坊日雄”，後來將“本因坊”名號讓與其甥及徒弟日海（即本因坊一世算砂）。
歷代本因坊
| 家督/跡目 | 出生年 | 去世年 | 繼任年 | 棋力 | 法號 |
| 世襲本因坊 | |||||
| 第一世本因坊算砂 | 1559年 | 1623年 | 1603年 | 名人 | 日海 |
| 第二世本因坊算悅 | 1611年 | 1658年 | 1630年 | 上手 | 日緣 |
| 第三世本因坊道悅 | 1636年 | 1727年 | 1658年 | 名人格 | 日勝 |
| 第四世本因坊道策 | 1645年 | 1702年 | 1677年 | 名人、棋所、棋聖 | 日忠 |
| 跡目道的 | 1669年 | 1690年 | 1684年 | 上手 | 日勇 |
| 跡目策元 | 1675年 | 1699年 | 1692年 | 上手 | 日雲 |
| 第五世本因坊道知 | 1690年 | 1727年 | 1702年 | 名人、棋所 | 日深 |
| 第六世本因坊知伯 | 1710年 | 1733年 | 1727年 | 六段 | 日宥 |
| 第七世本因坊秀伯 | 1716年 | 1741年 | 1733年 | 六段 | 日了 |
| 第八世本因坊伯元 | 1726年 | 1754年 | 1741年 | 六段 | 日淨 |
| 第九世本因坊察元 | 1733年 | 1788年 | 1754年 | 名人、棋所 | 日義 |
| 第十世本因坊烈元 | 1750年 | 1808年 | 1788年 | 準名人 | 日實 |
| 第十一世本因坊元丈 | 1775年 | 1832年 | 1808年 | 準名人 | 日真 |
| 跡目知策 | 1786年 | 1812年 | 不詳 | 上手 | 知策 |
| 第十二世本因坊丈和 | 1787年 | 1847年 | 1832年 | 名人、棋所、棋聖 | 日竟 |
| 第十三世本因坊丈策 | 1803年 | 1847年 | 1838年 | 上手 | 日秀 |
| 第十四世本因坊秀和 | 1820年 | 1873年 | 1848年 | 準名人 | 日悅 |
| 跡目秀策 | 1829年 | 1862年 | 1848年 | 上手、棋聖 | 日量 |
| 第十五世本因坊秀悅 | 1852年 | 1907年 | 1873年 | 六段 | 日妙 |
| 第十六世本因坊秀元 | 1854年 | 1917年 | 1879年 | 四段 | |
| 第十七世本因坊秀榮 | 1852年 | 1907年 | 1884年 | 五段 | 日達 |
| 第十八世本因坊秀甫 | 1838年 | 1886年 | 1886年 | 準名人 | 日壽 |
| 第十九世本因坊秀榮 | 1852年 | 1907年 | 1886年 | 名人 | 日達 |
| 雁金準一 | 1879年 | 1959年 | 1907年 | 名譽九段 | |
| 第二十世本因坊秀元 | 1854年 | 1917年 | 1907年 | 六段 | |
| 第二十一世本因坊秀哉 | 1874年 | 1940年 | 1908年 | 名人 | 日溫 |
| 名譽本因坊 | |||||
| 第二十二世本因坊秀格（高川格） | 1915年 | 1986年 | 1957年 | 九段 | |
| 第二十三世本因坊榮壽（坂田榮男） | 1920年 | 2010年 | 1965年 | 九段 | |
| 第二十四世本因坊秀芳（石田芳夫） | 1948年 | - | 1975年 | 九段 | |
| 第二十五世本因坊治勛（趙治勳） | 1956年 | - | 1993年 | 九段、名譽名人 | |
| 第二十六世本因坊文裕（井山裕太） | 1989年 | 2016年 | 九段、名譽碁聖 |
【備註：日本圍棋界第21世世襲本因坊（本因坊秀哉）逝世前將“本因坊”名號轉讓給了日本棋院，自本因坊秀哉逝世以後日本棋院就已經正是廢除了家族世襲本因坊——本因坊家族自本因坊秀哉逝世後已經自動解體。所謂的名譽本因坊日本棋院授予在本因坊新聞棋戰中取得五連霸的日本圍棋大師，在該棋手年滿60周歲後即可以使用名譽本因坊的稱號。後來日本棋院又進行改革，按照取得名譽本因坊的先後順序，依次享受第N世本因坊的榮譽稱號。】
本因坊外家
•水谷家為本因坊家的外家，初代琢元為本因坊察元的弟子，共傳三代。
•水谷四谷為跡目琢廉的兒子，為方圓社創社社員之一。
| 家督/跡目 | 出生年 | 去世年 | 本名 | 棋力 |
| 水谷琢元 | 不詳 | 不詳 | 水谷琢元 | 六段 |
| 水谷琢順 | 不詳 | 1850年 | 水谷琢順 | 六段 |
| 跡目琢廉 | 1804年 | 1836年 | 高橋順英 | 六段 |
| 跡目順策 | 1820年 | 1856年 | 戸谷梅太郎 | 六段 |
| 水谷四谷 | 不詳 | 1887年 | 水谷四谷 | 五段 |
門下高足
•中村道碩，名人，算砂門下第一高徒，當代第二高手，後來自立門派（其中也因為道碩違反日蓮宗的教義）為井上家。
•桑原道節，名人，道策門下第一高徒，六大天王之首，之後因年紀過大（僅小道策一歲），所以並沒有立為跡目，後道策之弟道砂無良徒，所以道節過繼到井上家為第四世。
•星合八碩，六段，道策門下六大天王第三名，曾拿白子贏過林家家督。
•熊谷本碩，上手格，道策門下六大天王第五名。
•吉和道玄，上手，道策門下六大天王之末，出身富裕家庭，後離開坊門。
•相原可碩，上手，原道節的小徒弟，後過繼給道知，後來成為道知徒弟中最強者，可惜道知傳位給知伯（因知伯為道知之侄，道知不免偏袒）。
•小鬆快禪，五段，為一和尚，並非學棋於坊門，但是與坊門互動密切，列在此處。
•河野元虎，六段，察元門徒，棋風輕妙，但是不夠穩健，天才型棋手，參加過御城棋。
•山本源吉，六段，察元門徒，察元發現其才時，若馬上收為徒的話，可能之後烈元就不會是本因坊了，可惜元吉父母反對，直到其父母過世後才投入坊門，彼時烈元已為跡目，但是察元仍待元吉非常好，後元吉看坊門無出頭機會，索性就回家鄉去了
•外山算節，六段，為關西棋士，在算砂逝世兩百周年紀念會上跟丈和下了盤很有名的棋而出名。
•舟橋元美，準名人，烈元徒，烈元死後師事元丈，後元美不想跟丈和爭本因坊而過繼到林家。
•水谷琢順
•關山仙太夫，初段，實力超過五段，但是無前例不能一口氣從初段跳到五段，元丈希望先升三段過幾年在升五段，但關山仙太夫脾氣硬索性就不升了。之後花重金受丈和指導幾局，思路亦是大開。
•中川順節
•石谷廣策，秀策師弟，為秀策發行譜集，替秀策宣揚其之偉大。秀策被尊為棋聖，廣策有很大的功勞。
•岸本左一郎，追贈七段。
•高橋杵三郎，五段。
•中川龜三郎，名譽九段（後日本棋院贈），丈和三子，後來的第二任方圓社社長，影響棋界甚大。
•野澤竹朝，七段，秀榮密藏弟子，可惜不夠穩健，秀哉就任本因坊後，常批評秀哉的棋評，遭到除名。
•小岸壯二，六段，自號秀立，秀哉最重意的門徒，當時公認必為第二十二世本因坊，可惜早死。
•宮下秀洋，九段，秀哉門徒，被世人稱為“福島猛牛”。
