簡介
自然界中存在的微生物物種數量可能以數百萬計，但以純培養物得以分離並加以描述的僅有幾千種。造成這一巨大差異的主要原因是超過99%的所有環境微生物令人感到迷惑地無法在實驗室中生長。微生物不可培養性這一現象被認為是基礎和套用微生物學領域的一個主要挑戰，找到一種可以觸及大部分未培養微生物的方法可能會改變今天我們所知道的生物學和生物技術的許多方面。
SlavaS．Epstein教授編著的《未培養微生物》描述了這一現象的發現、目前對未培養微生物生理和分子本質的假設、最新“智取”未培養微生物的方法以及大多數未培養微生物在醫學和生物技術的重要性。《未培養微生物》揭示了未培養微生物的隱藏世界、它們無與倫比的多樣性和巨大的套用潛力。
《未培養微生物》介紹了目前對未培養微生物生理和分子本質的假設、最新“智取”未培養微生物的方法以及大多數未培養微生物在醫學和生物技術的重要性。還揭示未培養微生物的隱藏世界、它們無與倫比的多樣性和巨大的套用潛力。
目錄
未培養微生物多樣性的統計性估測
1引言
2豐度數據
2.1參數豐度模型
2.2非參數豐度模型
2.3基於覆蓋度的估計
2.4討論
3發生率數據
3.1參數發生率模型
3.2發生率非參數模型
3.3基於覆蓋度的發生率非參數模型
3.4含有協變數的模型
4評論
附錄：軟體
參考文獻
大規模平行測序表征微生物種群結構
1微生物多樣性和可棲息性
2對微生物分類學和生態學的分子影響
3大量平行DNA焦磷酸測序和微生物多樣性
4rRNA高可變區焦磷酸序列的生物信息學解釋
5微生物多樣性和“稀有生物圈”的拓展性展望
6大規模平行DNA測序和微生物種群結構的未來調查
參考文獻
用微陣列技術檢測和鑑定未培養微生物
1引言
2微晶片的類型
2.1系統發育寡核苷酸晶片（POAs）
2.3群落基因組晶片
2.4宏基因組晶片
2.5全基因組開放閱讀框晶片
2.6同位素晶片
2.7其他類型的晶片
3微晶片的套用
3.1微生物檢測
3.2微生物種群動力學和活性
3.3微生物鑑定
4晶片分析所面臨的挑戰及其局限性
4.1依賴於已培養生物和/或已知序列的分析
4.2晶片分析的靈敏度
4.3特異性
4.4晶片的定量性
4.5數據分析和標準化
5結束語
參考文獻
天然實驗室：來自未培養甲烷營養菌的經驗
1引言
2厭氧嗜甲烷菌的發現
3海底厭氧嗜甲烷菌的鑑定及定量
4從原位觀測到體外富集
4.1尋找AOM熱點
4.2能量限制：甲烷及硫酸鹽的供應及終產物的移除
4.3最適溫度與pH
4.4避氧
4.5其他生長需求
4.6ANME與伴生菌富集的抑制或解偶聯
5展望：其他分離技術
參考文獻
不可培養微生物的單細胞全基因組擴增
1引言
2細胞分離方法
2.1微液滴捕獲法
2.2技術
2.3螢光激活細胞分類技術（FACS）
2.4微流控術
3單個細胞的DNA分離和擴增
4測序和基因組裝配
5從基因組學到生物學
參考文獻
生長緩慢異養微生物的生理生態適應性及培養的結果
1引言
2資源和營養限制的生長
2.1生物量水平的營養限制
2.2生長速率的營養限制
3對營養限制的生理適應
4效率Vs.快速生長
5生長緩慢作為增加可培養能力的一項策略
6為什麼有大平板計數異常（GPCA）？
7總結
參考文獻
可育但不可培養細菌
1引言
2霍亂弧菌和其他物種的可育但不可培養狀態
3VBNC細胞的計數方法
4霍亂暴發模型
參考文獻
微生物不可培養性的普適性模型
1引言
2不可培養微生物的原位培養
2.1方法一：擴散室（DiffusionChamber）
2.2方法二：分離晶片（Ichip）
3不可培養微生物的體外生長及其馴化
3.1獲得不可培養物種的可培養變種
3.2微生物的共生生長和共培養
4不可培養機制：MSC33的個案研究
5微生物的種群中的異質性
6對大平板計數異常現象的解釋
6.1模型
6.2模型對不可培養現象及更多現象的解釋
6.3探索者模型的含義
7結論
參考文獻
未培養微生物的宏基因組和新抗生素髮現
1次級代謝物與抗生素
1.1次級代謝物介紹
1.2新抗生素將來自於何處？
1.3微生物多樣性和宏基因組學
2以土壤DNA用於藥物發現的早期宏基因組實驗
2.1hsp70、gyrA、纖維素酶及其他
2.2EDNA文庫和異源表達
2.3信號、抗性、Turbomycins和Terragines
3從EDNA中克隆次級代謝生物合成途徑的進展.
3.1次級代謝物途徑集約模型
3.2“制約”宏基因組
3.3更好的載體
3.4更好的宿主
3.5文庫的大小
3.6最新篩選
4結論
參考文獻
耐受性菌株、生物被膜和可培養性問題
1耐受性細胞的發現
2生物被膜與耐受性菌株的復甦
參考文獻
把概念推向極限：不可培養細菌與太空生物學
1微生物培養
2表型生長
3生命指征
4無生長發生時的生命檢測
5生命的動力學指征
6地球以外樣品中尋找生命
7不可培養的外星生命
8有關生命起源及生命的早期進化的建議：思考素材
參考文獻
譯者後記
