主要種類
代表菌群：產氣莢膜桿菌，綠膿桿菌
致病菌危害極大，這些致病菌就像腸道“諸侯國”中窮凶極惡的“叛亂軍”，對腸道安全有潛在的危害。當天氣、食物等各種原因，導致腸道內益生菌減少，免疫系統防備鬆懈時，致病菌就會大量繁殖，加強“火力”，四處侵占其它菌群的“領地”，消滅其它菌群，同時分泌出大量毒素，這些毒素經血液進入人體後，四處攻擊人體器官正常的細胞，人體就會出現疾病。
生理危害
1、排泄不順暢，腸內囤積糞便為幫助排便，糞便的軟硬程度要適中，但不健康的腸則因膳食纖維的不足，導致糞便囤積大腸，無法順利排泄；又或者是因壞菌的繁殖引起細菌感染，而產生腹瀉的發生。
2、蠕動過快或太慢腸不健康，可能會影響腸的蠕動速度過快或太慢，妨礙糞便順利排出。糞便更會因此變太硬或太稀，最終導致便秘，腸道中過路菌群更因此加速繁殖，如此惡性循環下去。
3、產生有害物質不健康的腸道是壞菌繁殖的絕佳場所，大量的壞菌會導致阿摩尼亞，硫化水素及糞臭素等有害物質的產生。這些物質不但是惡臭屁的來源，更會加速腸壁的老化，產生導致癌症的物質，成為大腸癌的發病根源。
4、再次地吸收對身體有害的物質有害物質不會乖乖地待在腸內，它會隨著腸的吸收而跟著血液循環全身，引起疲倦、肌膚乾燥、頭痛、嘔吐等身體不適。會發生惡臭的物質更會經由血液，透過嘴巴或身體而散發出來，影響甚多。
