普陀區疾病預防控制中心是實施區政府疾病預防控制職能的公共衛生核心專業機構,在區衛生局領導下和上海市疾控中心業務指導下,組織實施全區防病工作的技術保障部門。集疾病預防與控制、監測檢驗與評價、綜合防治與健康促進為一體,加強對轄區內疾病預防的技術決策、信息綜合、防治技術實施過程的工作監督、套用研究和預防服務等功能。
普陀區疾病預防控制中心設定了辦公室、綜合業務辦、人事保衛科、質量管理科、行政科以及財務科等6個職能科室以及傳染病控制科、性艾病防制科、免疫規劃管理科、消毒與病媒控制科、衛生信息科、慢性非傳染性疾病防制科、健康教育與促進科、環境衛生科、職業衛生科、檢驗科等10個業務科室。