昌平縣醫院的前身“昌平縣大眾醫藥社”於1946年在長陵鄉上口村成立，1948年12月12日隨縣政府遷至昌平縣城。1949年3月“昌平縣大眾醫藥社”改稱為“昌平縣衛生院”。1956年“昌平縣衛生院”改稱為“昌平區衛生院”，同年秋後遷至昌平鎮和平街4號（現在院址）。1957年12月27日“昌平縣衛生院”升為“昌平區醫院”，1960年1月，“昌平區醫院”改稱為“昌平縣醫院”。
昌平縣醫院隸屬於昌平縣衛生局，是一所全縣歷史最長，規模最大的綜合醫院，是全縣醫療、急救、科研、教學、預防的中心。主要負責全縣區域內40餘萬人的醫療急救工作；擔負著北京高等專科學校和昌平衛生學校教學實習任務；承擔全縣鄉鎮衛生院的業務指導和技術培訓工作；承擔大型活動的保健工作，如亞運會腳踏車賽場保健工作；承擔每年的高考體檢工作；完成上級業務主管部門下達的工作任務，承辦縣委縣政府交辦的各項工作，如1997年度全縣征兵體檢首次全部由昌平縣醫院獨家承擔，醫院克服重重困難，騰出房屋16間，抽調有關科室的技術骨幹，嚴格執行體檢標準，全力以赴做好體檢工作，保質保量地圓滿完成了徵兵體檢任務，接受了中央軍委領導的檢查，得到了領導的肯定和好評。這在全市範圍內獨家醫院承擔這樣大型的體檢任務尚屬首例。
昌平縣醫院是一所二級甲等綜合醫院，現有職工793人，床位447張。醫院科室齊全，設有內科，外科，婦產科、兒科、腫瘤科、中醫、針灸、按摩、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚性病科、功能檢查科、藥劑科、製劑科、麻醉科、病理科、理療科、防保科、雷射治療室、手術室等30個科室。設有內科病房、外科病房、婦產科病房、兒科病房、腫瘤科病房、中西醫結合病房、五官科病房以及外賓、幹部病房等13個病區和1個科研機構-臨床藥學研究室。專業專科建設齊全，外科設有普外、神外、胸外、泌尿外肛腸、小兒外、顯微外科等專業。內科設有心血管、血液病、消化病、內分泌、腎病、呼吸等專業，腫瘤設有腫內，腫外專業，以及婦科、產科和新生兒等專業專科。
行政後勤科室配套齊全，設有黨辦、工會共青團、院辦、管理辦、人事科、財務科、公費醫療辦、醫務科、科教科、門診部、護理部、大病統籌辦，感染辦、保衛科、總務科、基建科、器械科、固定資產辦等科室。
