職能
主要職責（一）根據黨和國家衛生工作的方針、政策，結合昌吉市實際，研究提出市衛生事業發展規劃和戰略目標並監督實施。
（二）負責提出並落實衛生系統黨的建設規劃，指導衛生系統黨組織的思想、組織、作風、制度建設以及黨員隊伍教育管理工作，負責抓好衛生系統行政、企事業單位的精神文明建設和黨風廉政工作。
（三）研究提出昌吉市衛生資源配置標準，統籌規劃與協調全市衛生資源配置、發展規劃和服務標準，指導衛生規劃的實施，對衛生工作實行全行業管理。
（四）貫徹執行有關衛生工作的法律、法規、規章， 擬定地方性衛生規章、投術規範並監督實施。
（五）制定傳染病、地方病、職業病、慢性病和其他重大疾病防治規劃及防治措施並組織實施。
（六）研究制定農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施工作。
（七）依法組織、協調、宣傳、動員無償獻血工作; 審批報銷用血互助金。
（八）依法監督管理食品、職業、環境、放射、學校衛生，按規定組織制定食品、化妝品、消毒藥劑、消毒器械、一次性使用的醫療衛生用品的管理辦法。依法管理麻醉藥品、精神藥品、毒性和放射性藥品的使用。負責食品、藥品協調監督管理工作。
（九）研究指導醫療機構改革。根據圈家醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範，負責醫務人員執業註冊及醫療服務質量的管理;負責指導全市衛生技術人員職稱評審工作。
（十）統籌協調全市愛國衛生工作，制定市愛國衛生工作方針政策並組織實施。開展全民健康教育，動員全社會參與愛國衛生工作。組織對重大疾病的綜合防治工作，負責全市突發公共衛生應急工作。
（十一）組織開展全市衛生從業人員的職業道德教育和法制教育，促進衛生行業社會主義精神文明建設。
（十二）建立與完善全市衛生信息、統計系統，管理衛生統計與信息工作。
（十三）促進政府和民間技術交流、合作及對外交流活動。
（十四）在市人民政府的統一領導下，組織調度全市衛生技術力量，協調政府有關部門對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疾病的發生、蔓延。
（十五）制定全市衛生人才發展規劃、衛生人員職業道德規範，配合有關部門共同制定衛生機構編制標準，組織實施衛生技術人員的資格認定工作。
（十六）建立和發揮醫學會等民間組織、學術團體的作用，加強行業自律、質量監控和醫療服務管理工作。
（十七）組織實施新型農牧區合作醫療工作和城市社區衛生服務工作。
（十八）承辦市人民政府交辦的其他事項。
機構發展
根據衛生局主要職責，市衛生局設4個職能科（室）。（一）辦公室
制定局機關各項工作制度，綜合協調全局行政事務， 協調、檢查、督促各科室業務工作。負責全市衛生工作會議的組織工作。負責秘書、收發、機要保密、信息、統計、信訪工作。負責辦理人大、政協提案、議案工作，負責開展對外醫療技術合作，科技交流及衛生系統外事活動。負責衛生系統黨建組織、黨風廉政建設、宣傳思想和精神文明建設工作的組織、協調和實施。制定並組織實施全市衛生事業發展中長期規劃和年度計畫，制定地方性衛生事業發展和經濟管理方面的規章、制度。負責落實計畫安排醫療衛生項目。對所屬事業單位國有資產進行監督管理，對所屬事業單位財務情況進行統計、匯總和分析。
（二）綜合業務科（公共衛生突發應急辦）
負責指導醫療政策，擬定醫療衛生設定規劃及相關配套措施，並負責組織實施。負責衛生系統執業人員資格的審核認證工作。負責衛生系統醫療糾紛事故的調查處理工作。 負責醫護人員職稱考試報名工作。擬定農村衛生、城市社區衛生工作的發展規劃並組織實施。負責全市疾病預防控制、 婦幼保健工作的組織、協調和實施。負責新型農牧區合作醫療綜合管理工作。
（三）法制與監督科
參與制定地方性衛生立法規劃，組織協調衛生法律、 法規、技術規範、標準的實施工作。負責衛生行政複議工作。 監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生， 組織制定食品、化妝品、消毒藥劑、消毒器械、一次性使用的醫療衛生用品的管理規定。綜合管理衛生執法監督工作，規範程式和規章制度。制定衛生系統普法規劃。承辦領導交辦的相關其他工作。
（四）計財人事科
擬定衛生系統經費預算，並對全系統財務進行年終決算。負責鄉鎮衛生院人員工資的劃撥。負責衛生系統各單位藥品、器械等招標採購工作的審核工作。負責對全系統各單位經濟指標完成情況的督促以及財務運行情況的監督和年度審計工作。負責對鄉鎮衛生院領導幹部的離任審計工作; 負責對衛生系統各單位重大開支的監督、審計工作。負責衛生系統的機構編制、人事等工作，制定全市衛生人才資源相應政策，做好優秀專家和高級知識分子的管理工作。負責衛生系統的統計工作。做好領導交辦的其它工作。
