昌吉回族自治州科學技術協會的宗旨是：
堅持以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發展觀，團結和動員各族科學技術工作者以經濟建設為中心，堅持科學技術是第一生產力的思想，實施科教興昌戰略、人才強州戰略和可持續發展戰略，建設創新型國家，努力構建和諧社會，促進科學技術的繁榮和發展，促進科學技術的普及和推廣，促進科學技術人才的成長和提高，促進科學技術與經濟的結合。為經濟社會發展服務，為提高全民科學素質服務，為科學技術工作者服務，推動社會主義經濟建設、政治建設、文化建設和社會建設，為建設更加繁榮富裕和諧的昌吉而奮鬥。 昌吉州科協始建於1981年10月，2008年編委核定行政事業編制10名，其中縣級領導職數3名，副縣級調研員3人，科級領導職數2名;離退休人員6名。內設辦公室(學會部)、普及部，所屬事業單位2個：昌吉州科技諮詢服務中心、昌吉州少數民族科普工作隊，昌吉州反邪教協會（掛靠在州科協）；自治州全民科學素質領導小組辦公室、自治州農牧民科技培訓協調領導小組辦公室均設在科協。
昌吉州所轄五縣二市一區，建有7縣(市)科協，縣(市)實行科協、科技局合署辦公。全州縣(市)有專兼職工作人員31人。
昌吉州現有州級學(協)會26個，會員10000餘人，農村專業技術協會238個，會員36000餘人，全州共有各類專業技術人員25386人(2007年)，少數民族專業人員6979人。占全州科技人員總數的27.49%。
昌吉州科協及所屬團體的主要任務是：
---開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。
--- 組織科學技術工作者為建立以企業為主體的技術創新體系，全面提升企業的自主創新能力作貢獻。 --- 依照《中華人民共和國科學技術普及法》，普及科學技術知識，倡導科學方法，傳播科學思想，弘揚科學精神，提高全民科學素質。
--- 反映科學技術工作者的建議、意見和訴求，維護科學技術工作者的合法權益。 捍衛科學尊嚴，促進學術道德建設和學風建設。
---組織科學技術工作者參與科學技術發展規劃、政策法規制定和有關事務的政治協商、科學決策、民主監督工作。
--- 表彰獎勵優秀科學技術工作者，舉薦人才。
---開展科學論證、諮詢服務，提出政策建議，促進科學技術成果的轉化；接受委託承擔項目研究、項目評估、成果鑑定，參與技術標準制定、專業技術資格評審和認證等工作。
--- 開展民間國際科學技術交流活動，促進國際科學技術合作，發展同國外科學技術團體和科學技術工作者的友好交往。
--- 加強與區內外學術團體的科學技術交流。
--- 開展繼續教育和培訓工作。
--- 興辦符合昌吉回族自治州科學技術協會宗旨的社會公益性事業。
自治州學會：自治州學會是昌吉回族自治州科學技術協會的團體會員。縣（市）學會是縣（市）科學技術協會的團體會員。自治州和縣（市）科學技術協會發展團體會員。
團體會員的義務和權利：
團體會員的義務：遵守《中國科學技術協會章程》和本《實施細則》，執行科學技術協會的決議和決定，開展符合規定的各項活動。
團體會員的權利：推選代表參加科學技術協會代表大會，參加科學技術協會的活動，對科學技術協會的工作提出建議，批評並進行監督。
學會和基層組織發展個人會員，在個人會員比較集中的單位可設團體（單位）會員；可根據《中國科學技術協會章程》和《昌吉回族自治州科學技術協會實施<中國科學技術協會章程>細則》，結合實際，制定發展個人會員的具體條件和管理辦法。
