J3聯賽設立過程
2012年，J2聯賽成功擴軍至22支球隊，J2聯賽和JFL聯賽之間開始實行升降級制度，為早日實現達到100家J聯賽職業俱樂部，J3聯賽的創立已經勢在必行。
2013年1月16日，時任J聯賽理事中西大介向日刊體育透露，J3聯賽的設立已經得到所有俱樂部的認可。
2013年2月26日，J聯賽理事會正式確認J3聯賽將從2014賽季開幕。
2013年7月16日，首屆J3聯賽確定將由12支球隊組成，以三循環方式進行。
2013年11-12月，12支參賽球隊全部確定，其中包括9支JFL球隊、1支地區聯賽球隊、J聯賽U22選拔隊和J2・JFL升降級附加賽失利的鳥取強健組成。
2013年12月17日，J聯賽理事會後正式發表聯賽概要，首屆J3聯賽將於2014年3月9日開戰。
J3執照申請條件
（1）主場容量達到5000人以上（原則上僅包括坐席，但經過審查後符合安全標準的草地席也可計入容量中），暫時無法達標的如有改建切實計畫也可通過此條件。
（2）至少3人以上的球員與球隊簽訂職業契約
（3）組建U18、U15、U12三級梯隊中的至少一級
（4）主教練必須擁有JFA公認S級教練資格
（5）俱樂部法人性質為J1・J2公益法人，若為股份有限公司也可承認特定非營利活動法人
聯賽初始球隊申請結果
| 球隊 | 當時級別 | 都道府縣 | 準加盟申請日 | 準加盟承認日 | 審查結果 |
| 八戶南鄉源 | 東北甲級聯賽 | 青森縣 | 2013年6月28日 | 2013年9月17日 | 球場容量不達標 |
| 盛岡仙鶴 | 東北甲級聯賽 | 岩手縣 | 2013年6月17日 | 2013年8月20日 | 通過審查，可參加J3 |
| 秋田藍色閃電 | JFL | 秋田縣 | 準加盟 | 2013年2月26日 | 通過審查，可參加J3 |
| 福島聯 | JFL | 福島縣 | 2013年6月25日 | 2013年9月17日 | 通過審查，可參加J3 |
| 栃木葡萄 | JFL | 栃木縣 | 2013年6月28日 | 準加盟審查繼續 | |
| 前橋圖南 | 關東甲級聯賽 | 群馬縣 | 2013年6月27日 | 2013年9月17日 | 球場容量不達標 |
| 町田澤維亞 | JFL | 東京都 | 準加盟（曾參加J2） | 2009年2月17日 | 通過審查，可參加J3 |
| YS橫濱 | JFL | 神奈川縣 | 2013年6月27日 | 2013年8月20日 | 通過審查，可參加J3 |
| SC相模原 | JFL | 神奈川縣 | 準加盟 | 2010年2月16日 | 通過審查，可參加J3 |
| 長野夥伴 | JFL | 長野縣 | 準加盟 | 2012年7月23日 | 通過審查，可參加J3 |
| 金澤共進 | JFL | 石川縣 | 準加盟 | 2013年2月26日 | 通過審查，可參加J3 |
| 藤枝MYFC | JFL | 靜岡縣 | 2013年6月28日 | 2013年9月17日 | 通過審查，可參加J3 |
| 沼津天藍 | 東海甲級聯賽 | 靜岡縣 | 2013年6月28日 | 2013年9月17日 | 成績因素，未進行審查 |
| 鈴鹿亂步 | 東海甲級聯賽 | 三重縣 | 2013年6月28日 | 準加盟審查繼續 | |
| 滋賀琵琶湖 | JFL | 滋賀縣 | 2013年6月27日 | 準加盟審查繼續 | |
| 奈良俱樂部 | 關西甲級聯賽 | 奈良縣 | 2013年6月20日 | 2013年9月17日 | 球場容量不達標 |
| 山口維新戰鬥精神 | 中國聯賽 | 山口縣 | 2013年6月10日 | 2013年8月20日 | 成績因素，未進行審查 |
| 讃岐釜玉海 | JFL | 香川縣 | 準加盟 | 2011年2月15日 | 通過審查，可參加J2 |
| FC琉球 | JFL | 沖繩縣 | 2013年6月26日 | 2013年9月17日 | 通過審查，可參加J3 |
註：
（1）讃岐釜玉海在J2・JFL升降級附加賽勝利，參加2014年J2聯賽，失利的鳥取強健參加2014年J3聯賽
（2）根據地域決勝大會結果，按照盛岡仙鶴→山口維新戰鬥精神→沼津天藍的順序進行審查，結果盛岡仙鶴直接升入J3聯賽，而由於JFL球隊不足，山口維新戰鬥精神、沼津天藍兩隊升入JFL聯賽（第四級）。
青年隊參加J3聯賽
J聯賽U22選拔隊
出現於2014、2015賽季J3聯賽，初衷在於給與年輕球員在聯賽中更多鍛鍊的機會。但由於在每輪聯賽前選拔、聯賽後解散的特殊性質，難以保持球隊穩定性和球員積極性，此方案僅在兩個賽季的試行後便無疾而終。
U23球隊
2015年11月17日，J聯賽理事會決定2016賽季起允許J1、J2球隊的U23球隊參加J3聯賽，參加球隊為以下標準：
（1）由各俱樂部所屬球員中，在當年12月31日前未滿23歲的球員組成，但每場允許有3+1（門將位置）的超齡球員參賽
（2）參加J3聯賽的U23球隊數目原則上不超過當年J3俱樂部數量的三分之一（以2016賽季13支J3球隊為例，當年最多允許4支U23球隊參賽）
（3）球隊沒有升入J2聯賽的資格
2015年12月15日確定，FC東京、大阪櫻花和大阪鋼巴的U23隊參加2016賽季J3聯賽，此方案一直持續至今。
現行聯賽方式
（1）主客場兩回合制度，2018賽季17支球隊共進行34輪聯賽，每輪將有1支球隊輪空
（2）上下半場 各進行45分鐘，90分鐘後若為同分不進行加時賽，判定平局。勝者3分，平局1分，負者0分。
（3）同分時名次決定順序：淨勝球→進球數→相互戰績→公平競賽分→抽籤
（4）原則上J3冠亞軍可直接升入下賽季J2聯賽，但如果冠亞軍球隊沒有取得下賽季J2聯賽執照，則不進行資格遞延，而是減少J2降級球隊名額（例2017賽季J3聯賽冠軍秋田藍色閃電無2018賽季J2聯賽執照，則該賽季J2倒數第二名熊本深紅保級成功）。若U23球隊獲得前兩名，升級資格可以遞延。
（5）J3聯賽擴軍完成前，不會有J3球隊降入JFL。
參加球隊（2018賽季）
| 球隊 | 都道府縣 | J聯賽加盟時間 | J3聯賽參加時間 |
| 盛岡仙鶴 | 岩手縣 | 2014年 | 2014- |
| 秋田藍色閃電 | 秋田縣 | 2014年 | 2014- |
| 福島聯 | 福島縣 | 2014年 | 2014- |
| 群馬草津溫泉 | 群馬縣 | 2005年 | 2018- |
| YS橫濱 | 神奈川縣 | 2014年 | 2014- |
| SC相模原 | 神奈川縣 | 2014年 | 2014- |
| 長野夥伴 | 長野縣 | 2014年 | 2014- |
| 富山勝利 | 富山縣 | 2009年 | 2015- |
| 藤枝MYFC | 靜岡縣 | 2014年 | 2014- |
| 沼津天藍 | 靜岡縣 | 2017年 | 2017- |
| 鳥取強健 | 鳥取縣 | 2011年 | 2014- |
| 北九州向日葵 | 福岡縣 | 2010年 | 2017- |
| 鹿兒島聯 | 鹿兒島縣 | 2016年 | 2016- |
| FC琉球 | 沖繩縣 | 2014年 | 2014- |
| FC東京U23 | 東京都 | -- | 2016- |
| 大阪鋼巴U23 | 大阪府 | -- | 2016- |
| 大阪櫻花U23 | 大阪府 | -- | 2016- |
歷史戰績
| 年度 | 冠軍 | 亞軍 | 季軍 | 球隊數 |
| 2014 | 金澤共進（升級） | 長野夥伴 | 町田澤維亞 | 12 |
| 2015 | 山口維新戰鬥精神（升級） | 町田澤維亞（升級） | 長野夥伴 | 13 |
| 2016 | 大分三神（升級） | 栃木SC | 長野夥伴 | 16 |
| 2017 | 秋田藍色閃電 | 栃木SC（升級） | 沼津天藍 | 17 |
| 2018 | FC琉球（升級） | 鹿兒島聯（升級） | 鳥取強健 | 17 |
參考資料來源
射手王
| 年度 | 球員 | 當時所屬球隊 | 進球數 | 國籍 |
| 2014 | 鈴木孝司 | 町田澤維亞 | 19 | 日本 |
| 2015 | 岸田和人 | 山口維新戰鬥精神 | 32 | 日本 |
| 2016 | 藤本憲明 | 鹿兒島聯 | 15 | 日本 |
| 2017 | 藤本憲明 | 鹿兒島聯 | 24 | 日本 |
| 2018 | 萊昂納多·盧比斯 | 鳥取強健 | 24 | 巴西 |
