歷史起源
新華書店於1937年4月24日在延安創立，毛澤東主席為新華書店三次題寫店招。2012年全國新華書店系統舉辦了紀念新華書店成立七十五周年活動。新華書店總店秉承新華書店光榮傳統，按照黨的指示一路從延安、西柏坡，隨黨中央進入北京。在1949年10月3日，共和國誕生之後三天，中央在北京即召開了全國新華書店出版工作會議，這是新中國成立以來召開的第一個全國會議。毛澤東主席、朱德總司令在中南海頤年堂接見了全體與會代表。會議通過了《關於統一全國新華書店的決定》，隨後1950年3月25日發布了《關於統一全國新華書店的決定》，並在北京成立新華書店總管理處，下轄出版、發行、廠務三項業務，承擔新中國出版物出版、印製和發行的重要工作。1951年1月1日，根據國家實行專業化分工的決定，將新華書店總管理處的出版處成立人民出版社；總管理處的廠務處成立新華印刷廠總管理處；總管理處的發行處成立為新華書店總店，為負責全國新華書店管理的領導機構，同時還承擔對專營圖書進出口業務的國際書店的領導。在其近36年（截止到1987年）對全國新華書店的管理、協調、調配和發行政策制定中，新華書店總店在國家出版總署（後為文化部出版局、國家出版局、新聞出版署和新聞出版總署）的領導下，為新中國出版物發行事業壯大和社會主義文化市場的繁榮與發展做出了重要貢獻。同時，在1979年——1982年間，總店還從集中京、津、滬三地新華書店的利潤留成中支援內蒙、新疆、雲南、西藏、青海和寧夏發展資金2359萬元（其中總店直接下屬單位北京發行所及儲運公司就支持了1530萬元）。為老少邊窮地區新華書店發展做出巨大貢獻。
1987年10月，根據同年成立的新聞出版署的指示，總店與其在京下屬的北京發行所、儲運公司合併，名稱仍叫新華書店總店，為企業獨立法人，自負盈虧。放棄對全國新華書店的指導權，同時承擔署委託的對全國新華書店的培訓幹部、編寫教材；編輯出版發行刊物；調查研究、反映情況；制訂規章制度；負責全國發行統計工作；對外國際交流及總署委託的其他事項等六大任務。1994年，上述六項工作全部轉交總署。總店作為國有大型圖書批發企業獨立開展經營活動。總店作為全國圖書批發中盤（全國圖書集散地），在成為企業法人後業務不斷上升，直至1997年的發運銷售圖書總額18億元，成為全國發貨量最大的圖書批發企業。並持續五年進入全國銷售五百強企業。
在此期間，總店為全國新華書店系統的協調、合作和組織調研，反映情況，爭取行業優惠政策（增值稅先征後返、縣以下農村發行所得稅返回等）也做出許多努力，為籌備成立中國新華書店協會和行業發展發揮了主導作用。
發展
新華書店總店企業機構健全，實力雄厚，擁有固定資產逾五億元，行銷及倉儲場地10萬餘平方米，年物流吞吐能力可達30億元。在六十年的經營發展中，已累計發行圖書45億冊，150萬種，累計發行碼洋250億元，累計銷售收入180億元。近十幾年來共向國家上交各種稅利4億元。
隨著市場經濟的轉變與發展，各省新華書店在當地政府支持下，不斷發展強大，隨著各省集團化及股份制改造，各省新華書店上收“三權”，統一進貨，統一配送，全國新華書店集團地方封鎖和地方保護加劇，發行格局呈區域化發展趨勢。總店根據上級指示，於2004年底正式組建了“新華出版物流通有限公司”，該公司由總店、集團內出版社及三家民營公司總計十一家股東組成，總店原有全部經營業務轉入，並將全部發行業務人員派至公司。但因公司投資未按期到位及經營管理的原因和市場的惡化與自身弱勢，經營步履維艱，業務大幅下滑，形成巨額虧損，造成了極端困難局面。
總店目前有兩處院落，一是北禮士路135號院43畝土地及近四萬平米建築,二是馬連道紅蓮南里30號40畝土地及近四萬平米的建築。
新華書店總店現有員工620人,下設辦公室、黨委辦公室、工會、人事處、計財處、保衛處和物業部、信息中心等8個職能管理及經營部門。信息中心負責編輯出版《新華書目報》、《全國大中專教材目錄》及相關網站管理。
