概述
1998年12月正式更名為新疆農業大學農學院。農學院建有作物遺傳育種、作物耕作栽培、植物病理、昆蟲、生理生化五個教研室。共有作物遺傳育種實驗室、作物耕作栽培實驗室、植物病理實驗室、昆蟲學實驗室、防治學實驗室、生理實驗室、生化實驗室。
農學院現有農學、植物保護、生物技術、生態4個本科專業；有農業技術推廣、土地信息管理、種子經營管理、種子工程、植物保護、草原保護、森林保護等多個專科專業；有昆蟲學、植物病理學、作物遺傳育種、耕作栽培、植物生理生化等五個碩士學位授予點。
農學院現有教授7人，副教授28人，具有博士學位的教師4人，碩士生導師21人。農學院具有一支教學經驗豐富、科研能力強、學術水平高的師資隊伍。在教書育人、科研開發和技術推廣套用總發揮著積極作用。為新疆的經濟建社和社會發展做出了積極貢獻。
學院領導
黨總支書記
張巨松
院長
王登元
黨總支副書記
吐爾遜江·斯地克
副院長
石書兵
副院長
曲延英
專業設定
090101農學專業
主要課程：作物栽培學、作物育種學、農作學、種子學、農業推廣學、農業生態學、生物化學、遺傳學、植物生理學、田間試驗與生物統計。
培養要求：掌握本專業基礎知識，系統了解農業生物科學和農業生態學基礎知識以及作物生長發育、遺傳變異規律與高產優質的理論；掌握作物生產基本技術操作及農學專業必需的實驗、試驗設計、分析推廣和計算機套用等基本技能，並受到初步科學研究的訓練；具有自主學習能力、分析和解決實際問題的能力；了解一般的人文、社會科學知識及有關農業政策法規；能夠運用一門外國語較為順利地閱讀專業外文書刊。具有較強的文字與語言表達能力和社會活動能力。
培養目標：本專業培養適應社會主義市場經濟體制，德、智、體全面發展，能在各類農業企業、教育科研單位和各級政府及相關的職能部門從事農業生產技術與設計、推廣與開發、教學與科研、經營與管理工作的高級農業科學技術人才。
學制 4年，授予農學學士
090107W種子科學與工程專業
主要課程：種子生物學、種子生產原理與方法、種子加工與貯藏、種子檢驗原理與技術、種子法律法規、種子市場行銷學等。
培養要求：本專業要求學生在掌握農業生物科學的基本知識和理論的基礎上，接受種子生產、種子加工與貯藏、種子檢驗、檢疫與種子經營管理以及種子企業運作需要的公司理財、企業管理、市場行銷等理論的學習與技術的訓練；了解一般的人文、社會科學知識及有關的農業政策法規以及種子法律法規。
培養目標：符合社會主義市場經濟、科技發展的需要，培養德、智、體、美全面發展，掌握種子科學與工程等方面的基本理論、基本知識和基本技能，能在種子科學與工程相關部門或單位、種子公司等從事教學與科研、技術與服務、推廣與開發、經營與管理等工作的高級技術人才。
學制4年，授予農學學士
070402生物技術專業
主要課程：生物化學、分子生物學、基因工程、微生物學、細胞生物學、遺傳學、細胞工程、發酵工程、生物製藥、植物分子育種學、發育生物學。
培養要求：本專業要求學生掌握生物技術方面的基本理論、基本知識，系統了解生物技術在農業中的套用，接受生物技術套用基礎研究和技術開發方面的科學思維和科學實驗訓練，具有較好的科學素養及初步的教學、研究、技術開發等的基本能力。具有較強自主學習能力和很強的實踐動手能力，具有獨立分析問題解決問題的能力和自主創新的能力。
培養目標：培養適應社會發展需求的，德、智、體、美全面發展的，能在科研機構或高等學校從事科研或教學，能在輕工業、醫藥、食品、農、林、牧、環保等行業的企業、事業和行政管理部門從事與生物技術有關的套用研究、技術開發和管理等工作的高級研究及套用型人才。
學制4年，授予理學學士
090103植物保護專業
主要課程：普通植物病理學、普通昆蟲學、農業植物病理學、農業昆蟲學、植物化學保護。
培養要求：掌握本專業必需自然科學基礎知識，系統了解農業、林業病蟲草鼠生物學及其致害方面的基本理論和基本知識，具有農業、林果業病蟲草鼠監測和防治方面的基本能力。並受到初步科學研究的訓練；具有獲取知識，分析和解決實際問題的能力；了解一般的人文、社會科學知識及有關農業政策法規；能夠運用一門外國語較為順利地閱讀專業外文書刊。
培養目標：本專業旨在培養德、智、體全面發展的，具備有獲取知識，分析和解決實際問題的能力和素質；能在科研單位或推广部門，從事植物保護工作；具有從事植物保護專業實際工作能力和研究工作初步能力的高素質、複合型、套用型和創新，創業型人才。
學制4年，授予農學學士
