歷時五年編制的《新疆生產建設兵團主體功能區規劃》（以下簡稱《規劃》），2012年2月21日正式發布實施。
兵團主體功能區規劃是根據《國務院關於編制主體功能區規劃的意見》（國發〔2007〕21號）、《全國主體功能區規劃》、《新疆維吾爾自治區主體功能區規劃》編制的，是兵團第一部國土空間開發的基礎性、戰略性和約束性規劃。
編制《規劃》的目的是為了統籌謀劃兵團未來產業布局、人口分布、國土利用和城鎮化格局，規範開發秩序，引導人口分布、經濟布局與資源環境承載力相適應，促進人口、經濟、資源環境的空間均衡，實現兵團科學跨越發展。
根據《規劃》，到2020年兵團主體功能區空間開發格局戰略任務是，基本形成“八片區”( 即：天山北坡的烏魯木齊-五家渠片區、石河子片區、奎屯片區、博樂-塔斯爾海片區、伊寧-可克達拉片區和哈密-黃田片區，天山南坡的阿克蘇-阿拉爾片區、庫爾勒-鐵門關片區)的城鎮化空間格局，天山北坡農產品主產區和天山南坡農產品主產區的農業戰略格局，與自治區共建的“三屏”(阿爾泰山地森林、天山山地草原森林和帕米爾-崑崙山-阿爾金山荒漠草原)“兩環”(環塔里木和準噶爾兩大盆地邊緣綠洲區)為主體的生態安全戰略格局。
兵團的重點開發區分國國家層面和兵團層面。國家級重點開發區域是天山北坡墾區，總面積3406平方公里，占兵團4.6 %。兵團級重點開發區域是阿克蘇-阿拉爾片區、庫爾勒-鐵門關片區以及點狀分布的第三師、第十四師師部城區，總面積205.1平方公里，占兵團0.3%。
兵團的限制開發包括農產品主產區和重點生態功能區。農產品主產區全部為國家級，分為天山北坡農產品主產區和天山南坡農產品主產區，總面積4.9萬平方公里，占兵團65.1%。
重點生態功能區也分為國家層面和兵團層面。國家級重點生態功能區是按照3個國家級重點生態功能區所覆蓋的團場來劃定的，總面積1.4萬平方公里，占兵團19.3%。兵團級重點生態功能區是按照5個自治區級重點生態功能區所覆蓋的團場來劃定的，總面積0.7萬平方公里，占兵團9.7%。
兵團禁止開發區域分為國家層面和兵團層面。兵團國家級禁止開發區域是按照5個國家級禁止開發區域所覆蓋的團場部分區域來劃定的。總面積673.67平方公里，占兵團0.8%。兵團省級的禁止開發區域是按照1個自治區級禁止開發區域所覆蓋到的團場部分區域來劃定的，總面積147.4平方公里，占兵團0.2%。
《規劃》根據推進形成主體功能區的要求，對兵團不同主體功能區實行分類管理的區域政策，明確了財政、投資、產業、土地、農業、人口、民族、環境和應對氣候變化等政策的調整方向，並專門對基於主體功能區下的績效考核體系進行了要求。
