1993年6月18日，新疆兵團醫藥公司成立。公司註冊資本3560萬元人民幣，股權比例為農二師國資委占50%，南京醫藥股份有限公司占40%，自然人王文炳占10%。經營範圍：中藥材、中成藥、化學原料藥及其製劑、抗生素原料藥及其製劑、生物製品、麻醉藥品、精神藥品、醫療器械等。公司是國家批准的中央醫藥救災儲備承儲企業。2001年6月，公司成為全國首批、兵團首家通過國家GSP認證的藥品經營企業。2007年，公司再次通過GSP重新認證。
公司現有控股及參股企業三家，分別是新疆兵團醫藥零售連鎖有限公司、新疆奇康哈博維藥有限公司、《醫藥保健》雜誌社。
公司現有11個部門，員工76人（含南京醫藥派遣人員）。目前，公司具有可流轉30億元以上銷售額的15000平方米的倉庫、營業及辦公場所，建立了符合GSP標準的質量管理體系和適應發展要求的組織機構、制度體系、流程控制、人才管理、信息管理等安全運營保障系統。
2008年11月29日實現了南京醫藥和兵團醫藥公司的重組，並注入資金、人才、產品、信息、理念、創新經營模式、現代化管理模式等各種優勢資源，快速壯大了其實力。按照十七大精神和“敬業誠信，服務健康”的經營理念，公司將通過藥事服務創新模式推廣，在建立全兵團藥品供應保障體系、整合兵團醫藥市場資源、擴展全疆醫藥市場方面發揮主體作用。
