明初國家藏書是以元內閣所藏宋、金、元三朝典籍為基礎的。明太祖洪武元年（1368），北伐軍攻入元大都，大將軍徐達盡收元內閣圖籍送回南京。以後，明政府又廣求遺書，國家藏書日豐。明成祖遷都北京，收貯於左順門北廊，明英宗正統年間，移貯至文淵閣。正統六年（1441），少帥兵部尚書兼華益殿大學士楊士奇等，始以文淵閣說貯書籍，頗多“本朝御製及古今經、史、子集之書，自永樂十九年南京取來，一向於左順門北廊收貯，未有完整書目”，故為打點清理，逐一勘對，編置字號，厘定部類，寫成書目一本，名曰《文淵閣書目》。
《文淵閣書目》是登記性書目。楊士奇整理圖書時，是將七千二百九十七部圖書，進行分類，然後以《千字文》排次，按天字至往字，分為二十個字號，裝進五十隻大書櫥中，編目就是逐字逐櫥登記。
《文淵閣書目》分類在整理圖書時即已確定。由於楊士奇周詳考慮，分類很是齊全。其所分國朝、易、書、詩、春秋、周禮、儀禮、禮記、禮書、樂書、諸經總類、四書、性理（附實錄、傳、年譜等）、經濟、史、史附、史雜、子書、子雜、雜附、文集、詩詞、類書、韻書、姓氏、法帖、畫譜（諸畫譜）、政書、刑書、兵法、算法、陰陽、醫書、農圃、道書、佛書、古今志（雜誌附）、舊志、心志等四十類目，可滿足各種需求。並且它不恪守四部法成規，開創了有明一代分類的新風氣。還有，其某些類目的設定還有可取之處，如將禮書、樂書與“周禮”、“儀禮”分開，比較合乎實際；將地方志析為“古今志”、“舊志”、“新志”，在志書大量湧現的情況下，也有利於讀者檢索。因此，其分類體系，還可作為編制古籍書目的借鑑。
因此該書考訂功用不可忽視。因為其編寫之時，明內閣藏書尚完整，所收元朝舊藏，有價值的宋、元刻本和抄本頗多，另外，還有不少明初典籍。然而，明嘉靖以後，文淵閣藏書大批流失，若干珍本秘冊無可再見。所以，其就成為考訂宋、元、明初散失之書的重要資料。清乾隆時修《四庫全書》，對勘《永樂大典》所收之書，世無傳本者，往往見於《文淵閣書目》。因此，《四庫全書總目》的編者深有感觸地評介其價值說：“惟籍此編之存，尚得略見一代秘書之名數，則亦考古所不廢也。”
《文淵閣書目》原不分卷。傳世之本，各家以意厘定，《四庫全書》本分為四卷，《讀畫齋叢書》本，按《千字文》二十字號為卷數，分為二十卷。又，黃虞稷《千頃堂書目》著錄有十四卷本。今流傳較廣的為《叢書集成初編》本，該本源出讀畫齋本。
