主要職責
(一)負責保障水資源的合理開發利用。擬訂全州水資源戰略規劃和政策，起草有關地方性法規、政府規章草案；組織編制重要江河湖泊的流域綜合規劃、防洪規劃等重大水務規劃；制定水務工程建設有關制度並組織實施；負責提出水務固定資產投資規模和方向、財政性資金安排意見，按規定許可權，審批、核准規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目；提出州級水務建設投資安排建議並組織實施。(二)負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施水資源的統一監督管理；擬訂全州和跨縣水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施；組織開展水資源調查評價工作，按規定開展水能資源調查工作；負責重要流域、區域以及重大調水工程的水資源調度；組織實施取水許可、水資源有償使用制度和規劃同意書、水資源論證、防洪影響評價制度；指導水務行業供水和鄉鎮供水工作。
(三)負責水資源保護工作。組織編制水資源保護規劃；組織擬訂重要江河湖泊的水功能區劃並監督實施，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議；指導飲用水水源保護工作；指導地下水開發利用和管理保護工作。
(四)負責節約用水工作。擬訂節約用水政策，編制節約用水規劃，制定有關標準，指導和推動節水型社會建設工作。
(五)指導水利設施、河道、湖泊等水域及其岸線的管理與保護，指導重要江河、湖泊及河口、灘涂的治理和開發，指導水務工程建設與運行管理，組織實施具有控制性的或跨縣及跨流域的重要水務工程建設與運行管理。歸口管理水生態修復和水利風景區建設。
(六)指導農村水利工作。組織協調農田水利基本建設；指導農村飲水安全、節水灌溉等工程建設與管理工作；指導農村水利社會化服務體系建設。
(七)按規定指導農村水能資源開發工作，指導水電農村電氣化和小水電代燃料工作。
(八)負責防治水土流失工作。指導並監督全州重點水土保持建設項目的實施；負責審查、審批生產建設項目水土保持方案並監督實施；負責水土流失監測管理工作；組織水土流失監測、預報並定期公告。
(九)負責涉水違法案件的查處，協調、仲裁跨縣水事糾紛，指導水政監察和水行政執法工作。
(十)承辦州委、州人民政府和上級機關交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，文山州水務局機關設11個內設機構。(一)辦公室。負責組織、協調局機關日常事務工作，承辦文電、重大會議會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承辦督查、水利信息化、保密、信息、宣傳、政務公開等工作；承辦機關內部規章制度的建立健全和完善；承辦局機關後勤服務、綜治維穩和扶貧等工作。
(二)政治處。負責局機關及局直屬事業單位機構編制、人事、教育培訓、信訪等工作；承辦局機關並指導局直屬事業單位的黨建、黨風廉政建設、紀檢監察工作；承辦水利水電工程中、初級專業技術職務的評聘工作；承辦水利科技項目和科技成果的管理工作；承辦局機關的黨群工作和離退休幹部管理工作；協助辦理議案提案答覆；指導局直屬事業單位的離退休幹部工作。
(三)資產財務科。負責州級水務資金和全州水務國有資產的監督管理；編制部門預算；下達水務投資計畫；承辦局機關的財務管理工作，指導、監督局直屬事業單位的財務工作；指導水務投融資體制改革工作；承擔全州水務系統內審工作。
(四)政策法規與水政監察科。負責水務法規草案和規章草案的起草並經批准後組織實施；研究擬訂水務工作政策；組織指導協調全州水務系統依法行政工作，指導水務行政許可和審批工作，並監督檢查；承辦規範性檔案合法性審核、行政應訴、行政複議和行政賠償工作；指導水務法制宣傳教育工作。貫徹執行涉水法律、法規並對執行情況進行監督檢查；對違反涉水法律、法規的行為依法實施行政裁決、行政處罰決定或採取其它行政處置措施；協調處理跨縣(市)的水務糾紛；指導和監督下級水務執法。
(五)規劃計畫科。負責全州水務規劃計畫工作；組織擬訂全州水務發展戰略中、長期規劃及年度建設計畫；組織編制水利流域綜合規劃、區域綜合規劃和專項（專業）規劃；負責大中小（1）型水利建設項目（含病險水庫除險加固）的項目建議書、可行性研究報告和初步設計報告等階段的審核、申報立項等工作；按照流域規劃要求，對中小型水庫、水電站建設規劃提出意見，承辦水工程規劃同意書審批和審核上報工作；組織編報全州年度水務投資建議計畫，提出州級水務建設投資(含專項資金)的規模、投向和項目安排意見，協助下達中央、省級和州級水務建設投資計畫；參與水務建設項目後評估和驗收工作；負責全州水務綜合統計工作。
(六)水資源科。負責水資源的統一管理、保護和配置工作；組織實施水資源取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度；組織編制水資源保護規劃和水資源調查、評價與監測工作；指導水量分配、水功能區劃和水資源調度工作並監督實施；指導飲用水水源保護、城市供水水源規劃、城市防洪、城市污水處理回用等非傳統水資源開發工作；指導入河排污口設定審核工作；指導計畫用水和節約用水；指導水務管理體制改革。承擔文山州節約用水辦公室職責。
(七)農村水利科。負責農村水利建設與管理；擬訂全州農村水利的相關政策、規劃和標準並組織實施；擬訂全州農村水利發展規劃、年度建設計畫和統計；承擔小（2）型水利項目的可行性研究報告、初步設計報告、實施方案等階段的審查、批覆立項等工作；組織和指導實施農村飲水安全及鄉鎮供水、灌區建設、節水灌溉、雨水集蓄利用、牧區水利等農村水利項目；組織和指導農田水利基本建設；指導農村水利社會化服務體系建設。
(八)建設科。依法貫徹執行國家基本建設程式和強制性規定；組織指導大中小型水利工程建設項目的開工審查、審批、落實配套資金、蓄水安全鑑定、竣工驗收和統計等；指導實施小（2）型以上病險水庫除險加固工程建設；指導水利建設市場的監督管理；監督管理水利建設市場準入、項目法人組建、工程招標投標、建設監理、工程造價和工程質量檢測；指導水利建設市場信用體系建設；指導大中小型水利工程建設項目財務管理及竣工財務決算編制工作。負責實施水務工程項目法人、施工、監理、設計等單位的工程質量和安全監督；組織開展水務行業安全生產監督檢查。
(九)管理科。負責水工程的運行和經營管理工作；承辦建成後的水工程管理保護範圍的劃定；指導水庫用水計畫、農田灌溉、集中供水等管理工作；組織編制小（2）型病險水庫除險加固規劃，承擔大壩安全鑑定、初步設計等審查、申報立項工作；組織水工程續修配套建設、保護和管理，承辦水工程竣工驗收後的交接手續；指導農村水利工程管理體制改革；指導水工程管理方案、水務國有資產管理和水價改革、供水價格方案的擬定、論證和審定；組織指導已建水庫大壩註冊登記和安全鑑定；承辦水務系統經營管理統計工作；承辦水利旅遊發展規劃編制和水利風景區評審及上報工作。
(十)水電科。負責全州水能資源開發利用管理工作；組織開展全州水能資源調查評價，並進行成果管理；承辦全州水能資源開發、農村水電電氣化和小水電代燃料項目規劃編制，擬定全州農村水電發展戰略、中長期發展規劃及監督實施；指導全州農村水電電氣化和小水電代燃料行業技術進步和技術培訓；承辦全州農村水電電氣化和小水電代燃料項目信息系統建設、統計工作。
(十一)水土保持科。負責組織協調全州水土保持工作；承擔水土流失綜合防治和監督管理；組織擬訂和監督實施水土保持政策，組織編制水土保持規劃、技術標準並監督實施；負責審查、審批生產建設項目水土保持方案並監督實施；負責水土流失監測管理工作，組織水土流失監測、預報並定期公告；負責全州水土流失重點防治區管理工作，指導並監督全州重點水土保持建設項目的實施；協調全州水土保持科技工作，組織推廣水土保持科研成果，指導水土保持服務體系建設。承擔文山州水土保持委員會辦公室職責。
其他事項
(一)水資源保護與水污染防治的職責分工。文山州水務局對水資源保護負責，文山州環境保護局對水環境質量和水污染防治負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立部門間協商機制，定期通報水資源保護與水污染防治有關情況，協商解決有關重大問題。文山州環境保護局發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。文山州水務局發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與文山州環境保護局協商一致。(二)河道采砂管理的職責分工。文山州水務局對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定、堤防安全負責，文山州國土資源局對保障河道內砂石資源合理開發利用負責，文山州交通運輸局對河道采砂影響通航安全負責。由文山州水務局牽頭，會同文山州國土資源局、文山州交通運輸局等部門，負責河道采砂監督管理工作，統一編制河道采砂規劃和計畫，河道采砂的水上執法監管。
(三)不再保留文山州水政監察支隊
