唐滅高句麗後，粟末靺鞨部的大祚榮率眾從營州至奧婁河（今牡丹江）據東牟山築城（即清時敖東城）建立“震國”。開元元年（713年）受唐封冊改為渤海，此地為忽汗州，渤海國的舊都，天寶十四年（755年）第三代王大欽茂由此地遷都到上京龍泉府（即黑龍江省東京城渤海舊址），此地歸屬率賓府的建州。
遼代為長白山部所據，金代為海蘭路之西北境、會寧府之南境，屬寧江州地。元代屬開元路，設定斡朵里萬戶府。
明初為海西女真的扈倫族，歸屬建州衛地，此後又於此地設定了兀也五、赫什赫河等衛，明未為窩集部的赫席赫路。
清初為鄂多哩城地（即敖東城），屬額穆赫索羅佐領管轄，因清始祖愛新覺羅貝勒曾經居住此地，所以被視為清朝的發祥地，並下令封禁，自康熙二十年（1681年）開始，此地封禁近二百年，二百年間這裡成為給朝廷進貢的撲獵場所，直至光緒四年（1878年）吉林更設墾務局後，使此地移民漸增，並派知縣來此辦理荒務.
光緒八年（1882年），在敖東城西二里處設定敦化縣，為吉林府所轄。
宣統二年（1910年），將敦化縣北部劃歸新設的額穆縣。
民國三年（1914年）六月分吉林省為四道，敦化縣劃屬吉林延吉道管轄。
民國十八年（1929年）東北政務委員會成立，廢道制，縣歸省直轄，敦化縣直隸吉林省為三等縣。偽康德元年（1934年）額穆縣公署移至姣河鎮，在額穆索（今額穆）設嶺（即張廣才嶺）東辦事處。
一九四五年東北光復後，額穆縣撤銷，嶺西屬蛟河縣，嶺東劃入敦化縣境。一九五八年敦化縣劃屬延邊朝鮮族自治州管轄至今未變。 敦化縣原名敖東城（亦稱阿克敦）保留了清代古城池的名字。“敖東”系滿語“鄂多哩”（又稱額多力）的轉音，其語意不詳。縣名敦化，取自四書《中庸》“大德敦化”一語。含有“以德治理”之意．
