缺損病毒
有些病毒由於缺乏某些基因，單獨感染細胞時不能複製出完整的、具有感染性的病毒顆粒，需要其它病毒基因組或病毒基因的輔助活性，否則，即使在活細胞內也不能複製。有生物活性的缺損病毒包括4類：
1）干擾缺損病毒。又稱干擾缺損顆粒（defectiveinterferingparticles,DI顆粒），是病毒複製時產生的一類亞基因組的缺失突變體，必須依賴於其同源的完全病毒才能複製。DI基因組比其完全病毒小，複製更迅速，在與其完全病毒共感染時易占據優勢，從而干擾其複製。
2）衛星病毒。寄生於與之無關的輔助病毒的基因產物的病毒。基因組缺損，必須依賴於輔助病毒才能複製，它不是由其輔助病毒的基因缺失產生的，是存在於自然界中一種絕對缺損病毒，形態結構和抗原性都與輔助病毒不同，基因組很少有同源性。衛星病毒現劃歸在亞病毒因子的衛星之中。
3）條件缺損病毒。是一類基因組發生了突變的病毒條件致死突變體，在允許條件下能夠正常繁殖，在限制條件下導致流產感染，也能幹擾野生型病毒複製。
4）整合的病毒基因組。某些溫和噬菌體和腫瘤病毒感染宿主細胞後，病毒基因組整合於宿主染色體，並隨細胞分裂傳遞給子代細胞。除非缺損的外源性RNA腫瘤病毒外，病毒整合感染的細胞沒有感染性的病毒產生，只有在一定條件下，整合在宿主染色體的病毒基因組才能轉入複製循環，產生有感染性的病毒顆粒。
頓挫病毒
有些宿主細胞不能全部提供病毒複製所需的必要因子，致使所複製的病毒為不完整的、無感染性的病毒顆粒或亞顆粒。這類感染過程有以下3種類型：
1）流產感染。流產感染分為依賴於細胞的流產感染和依賴於病毒的流產感染。病毒感染的細胞是病毒不能複製的非允許細胞，將導致依賴於細胞的流產感染。非允許細胞內，缺失某些參與病毒複製的酶、tRNA或細胞因子，往往僅有少數病毒基因表達，不能完成病毒複製循環。允許細胞和非允許細胞是相對的，一種病毒的允許細胞可能是另一種病毒的非允許細胞，反之亦然。依賴於病毒的流產感染是由基因組不完整的缺損病毒引起，無論是感染允許細胞還是非允許細胞都不能完成複製循環。
2）限制性感染。因細胞的瞬時允許性產生，其結果或是病毒持續存在於受染細胞內不能複製，直到細胞成為允許性細胞，病毒才能繁殖，或是一個細胞群體中僅有少數細胞產生病毒子代。
3）潛伏感染。在受染細胞內有病毒基因組持續存在，但並無感染性病毒顆粒產生，而且受染細胞也不會被破壞。潛伏感染的另一個極端情況是由於病毒基因的功能表達導致宿主基因表達的改變，以致正常細胞轉化為惡性細胞。
