套用
可廣泛套用於農業（種植）、畜牧（養殖）、水產、環保等領域。在日本，有益微生物菌群系列產品已套用至工業、建築、汽車、醫療保健、美容及日常生活各個領域。所有這些功效，皆源於有益微生物菌群所具備的強大抗氧化能力。
直接稀釋法
根據使用目的，將有益微生物菌群原液按一定比例用水直接稀釋，用於作物葉面噴施、農田澆灌、畜禽飲用、環境除臭等等（稀釋比例請參照各領域套用方法）。注意：稀釋用水最好是井水，如使用自來水，應放置一晝夜使氯氣散發後使用（下同）。
製作活性液
將原露與等量糖蜜（可用紅糖代替，下同），按10-50倍不同比例用水稀釋並攪均勻後（糖蜜或紅糖要先用熱水溶化，下同），置於密封容器內厭氧發酵（環境溫度20-35℃）。發酵過程中因產氣而容器鼓脹，要及時放氣。待pH降至3.5左右，並有醇香發酵酸味，表明發酵成功。活性液可與原露一樣稀釋後使用，但應在兩周內用完。
製作有益微生物菌群發酵飼料
每100份固體飼料（畜禽飼料、水產飼料等）使用有益微生物菌群原液0.1-0.3份，加等量糖蜜或紅糖，用20-30份水稀釋後均勻拌入固體飼料中，裝入塑膠袋或容器中密封發酵（溫度20℃以上），待出現酒麴醇香氣味，即發酵成功。注意：水份含量掌握在一捏成團、一觸即散。水份過多易腐敗，過少發酵不充分。密閉保存。可套用於畜禽及水產養殖。
用米糠、麥麩、秸桿粉等原料，按以上方法製作固體發酵物。
製作堆肥
牛糞、豬糞等牲畜糞便摻入秸桿、稻殼、鋸木屑等吸水材料後，按此方法可發酵製作堆肥。以牛糞為例：牛糞1000kg，秸稈粉或稻殼、木屑100kg，與牛糞混合均勻；原露2-3kg，糖蜜2-3kg，水20-30%（視乾濕度增減水量），將原液與糖蜜溶於水，均勻噴灑在牛糞混合料上，邊噴邊翻，堆成高40cm、寬約100cm的糞堆後，覆蓋上塑膠膜，用草簾等適當遮光，中間適當翻堆一兩次，等糞堆表面出現白色菌絲並有酒麴香味，即發酵成功。其他材料（豆粕、菜籽餅、酒糟等）亦可按此方法製作EM堆肥 。
製作EM防蟲液
將原露、糖蜜、食醋、白酒(30°以上)、清水按1:1:1:1:10的比例備料。將EM原露與糖蜜攪勻、裝入容器蓋緊，發酵2-3天，產氣鼓脹後，開蓋放氣，加入與EM原露等量的食醋與白酒，攪勻蓋緊，再發酵兩周左右。其間，因產氣而容器鼓脹時，要及時放氣並立即蓋緊，到氣體不再產生、能聞到酸甜酯香味時，表明發酵成功。保持密閉，置陰涼乾燥處，通常可保存6個月。
微生物菌群防蟲液能增強植物新陳代謝，強化葉片保護膜的角質層，防止病原菌進入，其酯成分在草食害蟲體內不分解，產生生理障礙致死，對線蟲等多種害蟲有顯著效果。但應及早使用，貴在防，蟲害大面積發生時用效果甚微。
使用時的標準稀釋倍數為1000-500，霧狀噴施，葉片正反兩面都應噴到。
與人體健康
正常微生物菌群對人體的健康起重要作用，可以說是我們保持健康，增強體質，益壽延年及防禦疾病的一個重要組成部分。
維持人體組織器官的正常結構和功能
腸道菌群是人體內環境的重要組成部分，腸黏膜有巨大的表面與微生物接觸，既是保護機體抵抗微生物的屏障，又是微生物選擇侵入機體的入口。腸道微生物在數量、位置和代謝活性上的變動，可以改變腸黏膜的表面組成與功能。研究無菌動物對了解正常微生物菌群的作用是有用。缺少正常腸道菌群的無菌動物常表現為：盲腸明顯增大，小腸壁變薄，重量減輕；腸組織水分比正常動物少10%；黏膜固有層少15%，並缺乏細胞；黏膜總面積比正常動物少33%，因此吸收面積也減少。這些無菌動物特有的組織結構，在輸入正常菌群後二周即行消失，其結構功能變為與正常動物相似。因此，由此可知，細菌對腸道的正常發育是必不可少的 。
抵禦、拮抗外襲菌群的作用
首先，各種正常菌群在人體皮膚黏膜表面特定部位粘附和繁殖，形成一層自然的菌膜，是非特異性的局部保護膜，可抵禦致病菌的侵襲。其次，正常微生物菌群的存在與人體免疫系統的完善是密切相關的。實驗證明無菌動物抗感染能力遠比正常動物低。無菌動物淋巴系統衰退，淋巴組織縮小，免疫活性細胞減少，對細菌感染的敏感性比一般動物高得多。如枯草桿菌對一般動物是無害的，對無菌動物則是有害的。霍亂弧菌（霍亂的病原菌）和志賀氏痢疾桿菌（細菌痢疾的病原菌）是難於感染一般動物的，但這些微生物易感染無菌動物。正常菌群的生態平衡對清除外襲菌方面有很大作用。實驗表示，在腸道安全無菌情況下，由外界輸入的致病菌可迅速增殖；而在有正常菌群存在腸道中，由於競爭優勢，使得致病菌增殖速度明顯下降，存活於腸道內的致病菌數量只有無菌動物的0.01-1%。正常菌群對外襲菌的持抗作用可歸納如下：①競爭營養物質和生存空間；②降低pH值；③產生抗菌物質，如乳桿菌產生過氧化氫，嗜酸乳桿菌產生乳酸鹽，有的細菌產生低分子肽，腸道內的厭氧菌產生未分解的揮發性脂肪酸，戊酮，異丁酸，丁酸及醋酸都有很大抗菌力。
產生生理活性物質
腸道微生物菌群對人體具有重大影響，它們可以完成多種代謝反應。如分解食物中的胺基酸，由酪氨酸生成酪胺能使血管收縮，血壓升高；產生的組胺具有刺激胃酸分泌的功能。由色氨酸衍生的吲哚和糞臭素使大便有令人厭惡的氣味。正常微生物菌群能向人體提供營養物質，如維生素B1、B2、B12、K、生物素、葉酸，胺基酸等。它們和人體結成了休戚與共的互生關係。初生嬰兒的腸道中無微生物，在嬰兒的血液中缺少由微生物供給的維生素K，血液就不易凝結，一旦出血就會暢流不止，新生兒在三天以後微生物在腸道中才繁殖起來。為了使初生嬰兒度過危險期，醫生往往給新生兒注射維生素K。實驗證明，無菌動物即使很好的餵養，仍然十分嬌弱，而且必須給它們服用維生素和胺基酸才勉強地活下去。此外，正常菌群還影響人體對糖、蛋白質、脂肪和維生素的吸收，也能改變人體消化酶的活性，糞便內胰蛋白酶，糜蛋白酶與轉化酶的活性在無菌動物比正常動物顯著地高 。一個有趣的例子是，紐幾內亞人食物的96.4%是白薯（地瓜），該食物缺乏蛋白質，但在他們的腸道中有種產氣克雷伯氏菌（Klebsiellaaerogeries）能進行固氮作用。這些細菌是這些人群腸道菌群的恆定成員。有足夠的氮素被固定下來，通過腸壁進入血液。因此，紐幾內亞人就能依賴營養成分不全的食物為生。當然，人體某些正常菌（如大腸桿菌）產生的脂多糖（即內毒素）對人本身是有害的。
由此得出結論：雖然正常菌群能引起一些有害的效應，但人體卻能從正常微生物菌群中獲得巨大益處。正常菌群對人體發揮起有益或有害的生理作用是有條件的，這個條件就是微生物、人體和環境必須保持動態的生態平衡，三者保持生態平衡，正常微生物菌群才能有益於人體的健康，否則將導致疾病。
