發展歷史
2004年3月，復旦大學生物醫學研究院（Institutes of Biomedical Sciences, 簡稱 IBS）成立。
企業文化
生物醫學研究院院徽研究院以“轉化醫學”為目標，積極推動復旦大學生命科學與醫學的有機結合，建立基礎科學與臨床需求的緊密聯繫。
研究院的院訓是“銘誠、卓毅、協作、拓新”。
研究院宗旨是：“健康上海人，歡樂中國人”。
研究院遵循“章魚模式”發展，建設人才聚集高地、領銜大項目高地和做一流研究高地。
組織結構
復旦大學生物醫學研究院國家973項目“人類重大疾病蛋白質組學”首席科學家賀福初院士將擔任院長。 生物醫學研究院實行平台管理委員會領導下的首席科學家負責制，管理上遵循國際通用的PI管理模式。研究院配置了國際先進的科研設備，創建了獨特的共享體制。機制上採用靈活的方式與各院系和附屬醫院進行共建。
研究院下設九個研究所/中心。即：基因組學與表觀基因組學研究所、蛋白質組學與系統生物學研究所、藥物學與結構生物學研究所、發育生物學與出生缺陷研究所、幹細胞與組織工程研究所；心腦血管疾病研究中心、癌症研究中心、病理研究中心、傳染病與公共衛生研究中心。此外，以研究院為載體，建立了復旦大學出生缺陷研究中心和復旦大學中國重大疾病樣品庫。
主要職能
生物醫學研究院是從事國際生物與醫學交叉領域的基礎研究、套用研究的科研實體。研究院將以國際生物醫學的發展前沿為導向，以國家發展戰略需求為動力，構建生物、臨床醫學和基礎醫學、化學、信息、材料、物理、環境等多學科高度交叉的原創性研究基地，開展具有國際領先意識和創新思想的基礎研究和套用研究。 以國家中長期科技規劃以及國家、上海市的經濟建設和社會發展設計組織項目申請和團隊建設為出發點，設立的主要研究方向包括：疾病系統生物學、出生缺陷與發育生物學、疾病發生的分子機制、創新藥物和結構生物學等。
科研隊伍
研究院現擁有院士7名，PI (Principal Investigator，首席研究員)17人，雙聘PI 23人，研究人員20餘名，工程技術人員20餘名。
目前已形成的研究團隊包括：肝癌研究團隊，傳染病研究團隊，蛋白質組學研究團隊，基因組的進化分析及其套用研究團隊，幹細胞研究團隊，分子細胞生物學研究團隊，表觀遺傳學團隊，結構生物學團隊，病理研究團隊。
研究成果
截至2008年底，生物醫學研究院全職人員和雙聘人員共申請到國家和地方科研項目批准經費額度總計5.4344億元，其中全聘人員（包括分時PI）共申請到1.2063億元項目批准額度，雙聘人員共申請到約4.2280億元項目批准額度，到位經費總額約為1.1233億元。
2008年12月底，發表署名含生物醫學研究院的論文共有347篇,SCI論文311篇，總IF達1334.6，平均IF為4.3，研究論文大部分發表在跨學科的綜合交叉的頂尖刊物上，包括Cell, Nat Medicine, Nat Genetics, Nature Cell Biol，PNAS, 以及一級/二級學科的權威刊物等。
據2019年2月學院官網顯示，研究院成立至今，共發表SCI論文約1600篇，影響因子大於20（含CNS刊物）的論文總計22篇。其中表觀遺傳學團隊在組蛋白修飾、非編碼RNA、表觀遺傳調控研究、代謝和分子細胞生物學團隊在乙醯化蛋白質組及共代謝通路、代謝與腫瘤研究領域居於世界前列。2014年通過的國際評估被專家稱為“相關領域的研究水平已經接近美國頂級生物研究機構”。
技術平台
目前已建成的技術平台有：蛋白質組學技術平台、分子細胞技術平台、藥物與結構技術平台、基因組學技術平台、病理研究技術平台、基礎醫學技術平台（癌症，心血管）、公共技術平台、
重點建設的技術平台有：幹細胞與組織工程技術平台、病原微生物與傳染病技術平台、表觀遺傳學技術平台。
現已擁有價值40萬元以上的大型儀器19台，包括大型質譜儀、測序儀、顯微切割儀、流式細胞儀、小動物活體成像儀、小動物超聲、多功能工作站、多功能掃瞄器、DNA合成儀等。通過開放共享的機制，研究院將為校內外生物醫學研究工作者提供高水平的技術支持和服務。
人才培養
復旦大學生物醫學研究院位於復旦大學楓林校區，擁有一流的導師、一流的科研條件和學術氛圍，是培養生命科學與醫學交叉型學科的研究生基地。研究院重點把我校上海醫學院、生命科學學院、化學系、藥學院、公共衛生學院及相關附屬醫院等院系等有機地穿插在一起，在疾病蛋白質組學、化學生物學、生物化學與分子生物學、腫瘤學、幹細胞生物學、分子藥理學等專業招收研究生。並且，吸納海內外優秀博士畢業生以博士後的身份參加相關研究團隊的科研工作，在高水平科研工作中對青年科研骨幹進行培養。
