1637年(崇禎十年)，清兵逼近山西，他從當地招募民軍3萬，分19營，朝夕訓練。清軍見臨漳防守嚴密，沒有輕易進擊。因領土的保全，他受到崇禎皇帝在中左門的召見，並晉升為山西道御史。
1639年(崇禎十二年)，運河乾涸，京城主要運輸線中斷，糧食奇缺，滿朝文武驚慌失措，百姓怨聲載道，他被派疏通漕運。時清兵已逼近京師，他不顧個人安危，來往巡視在千里河道上，對整個工程和民工生活都做了周密計畫和安排，使運河很快疏通。
1641年(崇禎十四年)明朝廷搖搖欲墜。在農民起義運動打擊下，為維持最後統治，崇禎派官員分赴各地支撐殘局，他被調陝西。
到任後。了解到三秦財力、物力已極端虛弱，採用了重刑治陝方略，先拿胡作非為的大吏開刀，又把貪污腐敗的西安、鹹陽兩縣令撤掉，對於他的行動，有人出面威脅，但他毫不畏懼。當軍隊的個別將領也想要挾他時，他迅速逮捕了制台，制止了軍隊混亂。鑒於當地民眾生活極為困難，他果斷地開倉濟民，使陝西得到短暫的平穩。
崇禎見他治陝有方，遂越級提拔他為僉都御史。1642年，李自成攻占了開封，矛頭直指京城。明朝大將左良玉兵潰，傅宗龍、汪喬年等督師兵敗身亡。總兵賀人龍被擊潰後，帶領數百人流竄入陝，勾結地方劣紳，強劫財物，殺害平民。他見賀人龍猖獗，設計哄騙賀人龍到軍中，席間趁機將其處死。1642年(崇禎十五年)秋，他見明亡已成定局，加之六旬高齡，無力報效朝廷，遂以年邁有病為由辭職休養，獲準後返回家鄉。
他剛剛回到家鄉濰縣，清軍就由河北進攻到了山東。1642年12月15日，兵臨濰縣城下。他和胡振奇、周亮工等人，號召濰城軍民誓死守城，並自報奮勇扼守北城，冒箭雨在城牆上來往指揮，擊退了清兵一次又一次的進攻。中午，北城被攻破了一道口子，他率部擊退清軍。搶修城牆時，他兒子不幸掉到城下，有人要開城門搭救，他厲聲喝住：“為了保衛城池，落城下者不止一人，只因我兒就該開門救援嗎?”他的行動，極大鼓舞了守城軍民的鬥志，終於擊退清兵，保衛了濰城。
1653年4月10日，他因病去世。
