內設科室
現有科室為7個(辦公室、財務科、檢務科、檢驗檢疫一科、檢驗檢疫二科、檢驗檢疫三科、綜合實驗室)，2個辦事處（進口再生資源加工園區辦事處、李家莊辦事處），下屬事業單位機構1個(綜合技術服務中心)，內含檢驗檢測中心、國際旅行衛生保健中心和機關服務中心。
主要職責
1.貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢疫的法律、法規和政策規定及工作規程，負責所轄區域的出入境檢驗檢疫、鑑定、認證和監督管理等行政執法工作；
2.負責實施出入境衛生檢疫、轉染病監測和衛生監督。負責口岸轉染病的預防與控制工作，負責出入境人員的預防接種和轉染病監測體檢管理工作；
3.負責實施所轄區域出入境植物及其產品和其他檢疫物的檢驗檢疫與日常監督管理工作，負責動植物疫情監測、調查和匯總報告等工作，實施動植物疫情緊急預防措施；
4.負責實施所轄區域進出口商品（含食品）的法定檢驗和日常監督管理工作，負責實施一般包裝和出口危險貨物包裝檢驗、鑑定，負責進出口商品鑑定管理工作，負責實施外商投資財產鑑定，辦理進出口商品復驗工作；
5.實施與所轄區域進出口食品、動植物及其產品等生產（養殖、種植）、加工和存放等單位衛生、檢疫註冊有關的宣貫、受理、考核及日常監督管理工作，負責實施與進口安全質量許可制度相關的日常監督管理工作，負責實施與出口質量許可制度有關的宣貫、受理、考核及日常監督管理工作，負責實施產品和體系認證工作；
6.實施所轄區域國家實行許可制度的民用商品的入境驗證，負責出口、轉口商品的有關出境驗證；
7.實施所轄區域出入境交通運載工具和貨櫃及容器的衛生監督、檢疫監管和有關的適載試驗、鑑定，負責出入境交通運載工具、貨櫃、包裝物及鋪墊材料和貨物的衛生除害處理工作；
8.執行國家、國務院有關部門和國家質檢總局簽置的有關檢驗檢疫、檢驗的國際協定和議定書等，負責技術性貿易壁壘協定和檢疫協定的具體實施工作；
9.簽發所轄區域出入境檢驗檢疫證單和標識、封識，並進行監督管理，負責出口商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證工作；
10.轄區域的出入境檢驗檢疫業務統計，調查和收集國外轉染病疫情、動植物疫情和國際貿易商品質量狀況，提供有關信息；
11.所轄區域各類涉外檢驗檢疫、鑑定和認證機構（包括中外合資、合作機構）以及衛生除害處理機構的監督管理；
12.轄區域出入境檢驗檢疫科技、標準化和信息化工作的具體實施，承擔廣西出入境檢驗檢疫局下達的各項科研製標任務；
13.廣西出入境檢驗檢疫局交辦的其它工作。
