1993年11月,自治區教育委員會對教科所的性質、任務、職能、機構設定等進一步明確:廣西教育科學研究所是自治區教育委員會直接領導的事業單位,是指導全區教育教學研究工作的職能部門,指導全區各地市縣教育科學研究所(教研室)、高等學校教育科學研究所(室)的教育教學研究工作。研究方向和任務以有中國特色社會主義理論為指導,堅持黨的基本路線,面向現代化、面向未來,為廣西社會主義現代化建設服務。主要職能是結合廣西教育實際,開展教育信息、教育決策、教育管理研究;開展教育科學研究,參加教育改革與發展的實踐,總結經驗,探索教育規律;指導全區各級各類學校教育科學研究,組織編寫地方教材及教學參考資料;組織、統籌、協調全區教育科學研究工作;評審、鑑定、推廣教育科研成果,組織智力開發,開展教育諮詢;編輯、出版有關教育教學刊物;聯繫和指導自治區內教育科研學術團體等。教育科學研究所的機構設“八室一社”,即基礎教育研究室、職業技術教育研究室、高等教育研究室、成人教育研究室、教育綜合改革研究室、教育情報研究室、辦公室、廣西教育科學規劃領導小組辦公室和教育科學研究雜誌社。為了更好地發揮各類教育學會的作用,把廣西教育學會、廣西高等教育學會、廣西職業技術教育學會、廣西成人教育協會掛靠於廣西教育科學研究所,逐步採取同有關研究室合署辦公的辦法。廣西教育科學研究所與各地市縣教研室、高等學校高教研究所(室)、廣西教育學院教研部是指導與被指導的關係。各高等學校和各地市縣的教育教學研究機構,統稱教育科學研究所,在業務上接受廣西教育科學研究所的指導。
1984年1月,自治區成立廣西教育科學規劃領導小組,辦公室設在廣西教育科學研究所,主要負責對教育科研課題的規劃、立項、申報、評審、科研經費管理、科研成果鑑定等工作。領導小組組長由教育廳黨組書記、主持全面工作的副廳長韋善美兼任,辦公室主任由教科所副所長黃仕誠兼任;從1988年9月起,領導小組組長由自治區教育委員會主任侯德彭兼任,辦公室主任不變;1992年6月起,領導小組組長由自治區教委主任李林兼任,辦公室主任從1990年起由教科所所長梁全進兼任;1998年4月後,領導小組組長由教育廳廳長余益中兼任,辦公室主任由教科所所長陳先樂兼任。2007年,辦公室主任由教科所所長袁旭兼任。2010年後,辦公室主任由教科所所長覃壯才兼任。
廣西教育科學研究所現任所長覃壯才,書記林國健,副所長蔣國平,副所長楊錦興。現有在編人員10人,專業技術人員9人,其中具有高級專業技術職務者8人。
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