陳濟棠自兼校長，先後派杜益謙、李揚敬、林時清任副校長，羅植椿為教育長，負責學校俱體工作。
校部設教育、訓練、編審、總務股，有學科和術科教官100多人；另設政治部，何標為主任，下設政訓科和黨務科，有政治教官數十人。先後聘請德國的陸軍中將林德曼與步兵將軍沈式度夫及一些校尉級軍官五六人為軍事教官。
民國20年秋季招收第一期生約1000人，並將被裁撤的廣東警官學校學生合編成：步兵科1個大隊，下分6箇中隊；騎兵科1箇中隊（第二期以後撤銷騎兵科）；炮兵科和工兵科（第二期以後改為工通科）各2箇中隊。另有1個經理班。學制3年（經理班2年）。第一期於民國23年畢業，分配至陳濟棠所屬部隊，經見習後任初級軍官。民國23年招第二期學生約1500人。
燕塘軍校除學生隊外，還有軍官班，抽調各部隊下級軍官輪流受訓，前後辦了8期，每期約500人。民國21年，又開辦政治深造班，分為高級組和普通組，學制1年或半年。高級組學員畢業後任縣長或相當官員，普通組學員任縣長以下行政官員。政治深造班第一期畢業學員全部分配工作，第二期因陳濟棠下野提前兩個月結業。兩期共有學員1000餘人。繼政治深造班之後，又辦了一期軍事深造班，學員來自有軍事實際經驗的中下級軍官約100人，教授南京陸軍大學的課程，由陸軍大學出身的高級將領任教官，時間為1年，畢業後派往各軍、師當參謀。
民國25年7月陳濟棠下野時，第二期提前一年畢業，新招收的第三期生尚未入學，該校即被南京政府接收，改為中央陸國軍官學校第四分校（黃埔軍校廣州分校）
